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【加分项>>预后模型】02.ChEA3+scRNA-seq表达

【加分项>>预后模型】02.ChEA3+scRNA-seq表达

作者: 高大石头 | 来源:发表于2022-01-03 22:21 被阅读0次

    题目:Prognostic Implication of a Metabolism-Associated Gene Signature in Lung Adenocarcinoma
    DOI: 10.1016/j.omto.2020.09.011

    整体思路

    本文是比较常见的预后模型构建套路:
    差异分析→Cox→LASSO→模型构建



    详细的技术路线图可见原文。


    加分项

    下面着重聊一下文章中的加分项:

    1. ChEA3

    ChEA3属于转录因子预测神器,作者将13模型构建基因的可能共同转录因子进行预测,并结合STRING建立PPI网络,感觉好像一下子升华了



    2.临床样本验证

    为了证明这些预后基因的表达情况,作者收集了相关临床样本对TOP4基因进行验证。


    3.单细胞测序基因表达

    挺有意思的是作者竟然结合肺癌单细胞测序结果,再次证明13个基因的表达情况。在2020年就有这个觉悟,不简单呀。

    Fig S6B
    彩蛋:最后来看一下作者是怎么收集的这1943个基因。在GeneCards整理类似的基因,同样可以发SCI吆。

    参考文献:
    Prognostic Implication of a Metabolism-Associated Gene Signature in Lung Adenocarcinoma

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