题目:Prognostic Implication of a Metabolism-Associated Gene Signature in Lung Adenocarcinoma
DOI: 10.1016/j.omto.2020.09.011
整体思路
本文是比较常见的预后模型构建套路:
差异分析→Cox→LASSO→模型构建
详细的技术路线图可见原文。
加分项
下面着重聊一下文章中的加分项:
1. ChEA3
ChEA3属于转录因子预测神器,作者将13模型构建基因的可能共同转录因子进行预测,并结合STRING建立PPI网络,感觉好像一下子升华了
2.临床样本验证
为了证明这些预后基因的表达情况,作者收集了相关临床样本对TOP4基因进行验证。
3.单细胞测序基因表达
挺有意思的是作者竟然结合肺癌单细胞测序结果,再次证明13个基因的表达情况。在2020年就有这个觉悟,不简单呀。
彩蛋:最后来看一下作者是怎么收集的这1943个基因。在GeneCards整理类似的基因,同样可以发SCI吆。
参考文献:
Prognostic Implication of a Metabolism-Associated Gene Signature in Lung Adenocarcinoma
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