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思路清奇SCI:19.免疫相关eRNAs+HCC.4.59分

思路清奇SCI:19.免疫相关eRNAs+HCC.4.59分

作者: 高大石头 | 来源:发表于2021-07-22 12:49 被阅读0次

    免疫分析在肿瘤中一直是非常hot的“热点”,围绕免疫又出现了一波热潮,如免疫分型、免疫相关lncRNA等,今天在看文献时,发现又出现了新的热点免疫相关eRNA。下面就来分析下这篇文章。

    知识点

    • eRNAs: Enhancer RNAs,增强子RNA。增强子是一类DNA调节序列,可以激活基因表达而不依赖于它们与其靶基因的距离或方向。eRNA的长度为0.5-5kb,因此可以分类为lncRNA,可以通过靶向tumor-related genes和immune checkpoints参与恶性肿瘤的进展。
    https://www.biowolf.cn/m/view.php?aid=343
    • IRGs:immune-related genes,免疫相关基因,作者从 Molecular Signature Database v4. 0提取567个IRGs。
    • IReRS:immune-related eRNAs,免疫相关eRNA。作者根据Pearson correlation coefficient > 0.4, p < 0. 001选取64个IReRS。

    技术路线

    结果解读

    1.模型构建

    Fig.1

    2.模型验证

    Fig.2

    3.模型周边

    3.1 模型周边-临床病理特征

    Fig.3

    3.2 模型周边-cox分析

    Fig.4

    3.3 模型周边-nomogram

    Fig.5

    3.4 模型周边-富集分析+免疫分析

    Fig.6

    3.模型eRNA周边

    最后作者分析模型eRNAs的基因表达和预后情况。


    Fig.7

    体会

    作者选项免疫相关的eRNAs进行模型构建,并进行模型及模型构建eRNA的周边分析,整体思路比较严谨。

    参考链接:
    Identification and Validation of an Immune-Related eRNA Prognostic Signature for Hepatocellular Carcinoma

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