Monocle2: plot_genes_in_pseudoti

1. 使用

plot_used <- plot_genes_in_pseudotime(monocle_object[gene_used, ], color_by="seurat_clusters", relative_expr=T, cell_size = 1, nrow = 2, ncol = 2)+NoLegend()

plot_used$data$expectation  '#每个细胞的表达量

plot_used$data$expression  #每个时间点的表达均值

2. 基因表达拟合

官方源代码
https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/blob/master/R/plotting.R