CRISPRCasFinder安装

官网给出的安装方法总是有问题，参考了https://www.jianshu.com/p/1313f93017fe, 表示感谢。但还是踩了一些坑，在此记下完整安装流程。

1. git clone https://github.com/dcouvin/CRISPRCasFinder.git
2. cd CRISPRCasFinder
3. bash installer_UBUNTU.sh
4. sudo apt-get install build-essential && sudo apt-get install npm && npm install parse-json
5. sudo cpanm -f Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle && sudo cpanm -f JSON::Parse
6. vi CRISPRCasFinder.pl 把所有依赖
   （vmatch2 mkvtree2 vsubseqselect2 fuzznuc needle）的相对路径改为据对路径，如vmatch2改为/home/yjk/biosoft/CRISPRCasFinder/bin/vmatch2 记得如果在CRISPRCasFinder/bin文件夹下没有找到fuzznuc needle就去/usr/lib/emboss下找，把它复制到CRISPRCasFinder/bin；isProgInstalled()的值改为"True"。
7. 安装macsyfinder: wget https://bintray.com/artifact/download/gem-pasteur/MacSyFinder/macsyfinder-1.0.2.tar.gz && tar zxvf macsyfinder-1.0.2.tar.gz && cd macsyfinder-1.0.2
8. 把默认python改为python2: 在~/.bashrc中加入alias python='/usr/bin/python2.7' 保存后source ~/.bashrc就行了。
9. python setup.py build
10. python setup.py test -vv && python setup.py install --no-viewer
11. 在~/.bashrc中加入 export MACSY_HOME="/home/yjk/biosoft/CRISPRCasFinder/macsyfinder-1.0.2/build/scripts-2.7"就可以用了
12. source ~/.profile
13. 测试： (base) yjk@DESKTOP-U8UULFU:~/biosoft/CRISPRCasFinder CRISPRCasFinder.pl -cf CasFinder-2.0.3 -def General -cas -i install_test/sequence.fasta -out test_install_result -html
    (base) yjk@DESKTOP-U8UULFU:~/biosoft/CRISPRCasFinder/test_install_result/TSV diff Cas_REPORT.tsv ../../install_test/Cas_REPORT.tsv
    (base) yjk@DESKTOP-U8UULFU:~/biosoft/CRISPRCasFinder/test_install_result/TSV$ diff Crisprs_REPORT.tsv ../../install_test/Crisprs_REPORT.tsv

成功