HOMER is a software for motif discovery and ChIP-Seq analysis
HOMER软件使用Perl和C++编写，可在UNIX系统流畅运行
conda install homer

~/miniconda3/bin/conda install -c bioconda homer
#利用conda安装 homer
Proceed ([y]/n)? 
#询问是否安装 y
find -name homer
#查询homer所在目录 ./miniconda3/pkgs/homer-4.11-pl5321h9f5acd7_7/share/homer

在命令行输入'R'，安装两个R包（DESeq2和EdgeR）：

BiocManager::install("edgeR")
library("DESeq2")
library("edgeR")
q() # 退出R

提取对应的列给HOMER作为输入文件，peak文件格式：该文件格式需要五列信息（使用Tab分隔），分别是 peak ID , chr , start , end ,strand 。

awk '{print $4"\t"$1"\t"$2"\t"$3"\t+"}' SRR13764807_macs2_summits.bed > SRR13764807_peak.txt

下载perl版本与homer用到的perl版本匹配

wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.24.4.tar.gz
tar -xzf perl-5.24.4.tar.gz
cd perl-5.24.4
./Configure -des -Dprefix=$HOME/localperl
make
make test
make install
~/miniconda3/perl-5.24.4/perl

参考官方网站Perl Source - www.cpan.org

下载hg19基因组

~/miniconda3/perl-5.24.4/perl  ~/miniconda3/pkgs/homer-4.11-pl5321h9f5acd7_7/share/homer/configureHomer.pl  -install hg19

开始啦~ 用法如下

findMotifsGenome.pl <peak/BED file> <genome> <output directory> -size # [options]

示例

~/miniconda3/perl-5.24.4/perl  ~/miniconda3/bin/findMotifsGenome.pl  ~/chipseq/fastq/clean_data/macs2/SRR13764807_peak.txt ~/miniconda3/pkgs/homer-4.11-pl5321h9f5acd7_7/share/homer/data/genomes/hg19 ~/chipseq/fastq/clean_data/homer_output -size 200 -mask -len 8,10,12

-mask : 该参数告诉motif分析程序，在得到一个可能的motif之后，在后续的motif分析中是否排除该motif的影响。有点类似于抽样调查中的无放回抽样。
-size: 指定用于motif分析的片段长度，默认为200；
-len：motif大小设置，默认8,10,12；越大需要得计算资源越多

HOMER Motif Analysis - 根据ChIP-seq和ATAC-seq的peak结果寻找可能binding的motif

Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) - 核心的脚本