从问题开始
1.问题
实际是无头文件的过
官方文档
应放位置：
AlignmentFile跟的参数
报错改变：
非执行错误：不能迭代没头文件的sam
问题还是头文件。尝试：
samtools view
解决，但是是将sam转为bam才能行的，而且用samtools view 看转出的bam并不带header，或许bam不需要header也能用来迭代，但sam不行？
总之，bam体积小，有samtools时查看也并没有不方便，之后的程序可以改进为使用bam文件。
问题并未解决。关于header的问题：
如何在取出的序列的文件里加上header？
只是暂时，只是暂时用bam规避了这个问题。现在跳过他分析结果
rname 和rnext
type查看类型，其实也没必要。
结果是很多rname ！=rnext的需要过滤。加上即可
虽然-T但并没在bam中看到header
查看使用结果：
3（最新过滤的）比2（未过滤rname的）要小很多
鉴于.sam 和._2sam没什么用了，现在已经删除。
但是总的还不完整。缺点在1. 两条一样类型的，如下面的这个，都是HMH
一端多匹配但是这两条全是补充序列，并非↓
这种
提示：还得多看取出的序列，会出现没考虑到的问题
缺点2：现在还只是对单端多匹配在优化，并没有顾及其他类型。
总结：1.转为bam再操作优势明显，避开考虑header的问题，其次所占存储空间小，最后并不影响操作，且取出的东西也不是二进制形式（待验证）【已验证】，原文件是bam，取出的序列却并非二进制格式。
结果
代码
2.two_pair.sam 漏做了，需要补上。[已补]
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