论文图鉴20：单细胞自动注释

Automatic cell type identification methods for single-cell RNA sequencing - ScienceDirect

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Fully-automated and ultra-fast cell-type identification using specific marker combinations from single-cell transcriptomic data | Nature Communications

细胞群的鉴定通常依赖于使用已建立的标记基因对细胞群进行人工注释。然而，标记基因的选择是一个耗时的过程，可能导致次优的注释，因为标记必须是信息的个别细胞群和各种细胞类型存在于样品中。在这里，我们开发了一个计算平台 ScType，它能够完全基于给定的 scRNA-seq 数据进行全自动和超快速的细胞类型鉴定，以及作为背景信息的全面的细胞标记数据库。使用来自各种人类和小鼠组织的六个 scRNA-seq 数据集，我们显示 ScType 如何通过保证跨细胞簇和细胞类型的阳性和阴性标记基因的特异性来提供无偏和准确的细胞类型注释。我们还展示了 ScType 如何区分健康和恶性细胞群，基于单核苷酸变体的单细胞调用，使其成为抗癌应用的通用工具。这种广泛应用的方法既可以作为一种交互式 web 工具( https://sctype.app ) ，也可以作为一种开源的 R-package。

由于 ScType 如何区分健康和恶性细胞群，所以这里@ 论文日鉴19--鉴别单细胞肿瘤和非肿瘤 - 简书 (jianshu.com)

其他的单细胞注释软件@ 论文日鉴16:综合生信工具网站 - 简书 (jianshu.com) 在第二个工具文章里面会有惊喜

手动注释可以看这个
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