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生信分析工具-收录(不定时去除熟悉的软件)

生信分析工具-收录(不定时去除熟悉的软件)

作者: 生信石头 | 来源:发表于2018-10-31 14:14 被阅读72次

质控相关软件

fastp

序列操作软件

seqkit

NCBI 的 SRA toolkits

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump


查看文档后,似乎需要注意两点:
  1. 将中间目录设置到SSD或者是RAM-disk将会极大地提升速度(其实这个本身就是一个IO密集的工作,必然如此)
  2. 多线程可以加速,但是过多的线程会导致错误的输出。在多线程或者多进程编程中,总是会有这种结果,可以理解。
    总的来说,我觉得加速的关键,在于1 而不在于2

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