美文网首页
FMRI图像与行为学数据相关性分析

FMRI图像与行为学数据相关性分析

作者: 莫浪愁 | 来源:发表于2022-09-15 10:36 被阅读0次

引言

我们经常会用到图像与行为学指标的相关性分析,趁着最近刚好在做这个工作,就把具体的流程记下来,以便后续查阅。

一、数据准备

图像数据:采用的是之前任务态分析后的结果:37名被试的con.nii文件。这里是经过头动与行为学数据排除的剩余28名被试的文件。


1

行为学数据:每个被试的三个行为学指标。


2

二、做差(SD-RW)
由于我们的实验设计为前后两次测量,所以也是进行差值的相关性分析。
(1)图像做差可以用spm或者DPABI进行,这里演示DPABI的操作


3图像做差.jpg
4做差文件
5表达式help

(2)文件夹进行整理。
图像文件


6
行为学文件
7
8

二、DPABI相关性分析

分别选择要分析的图像文件夹与行为学.txt文件。


8相关性分析

三、提取相关性显著的cluster

由于以上相关性是进行的行为学数据与全脑图像的相关,在此之后需要对显著的cluster进行提取,然后绘制出相关性线图或散点图。
(1)提取显著的cluster,这里演示我的其中一个cluster


9确定cluster
10保存cluster
11结果

(2)然后提取所有被试此cluster的信号值
这里需要用到Utilities中的ROI Signal Extractor


12
13选择文件
将ROI定义为刚刚保存的cluster的mask.nii文件
14定义ROI
15结果文件
16信号值文件

四、绘制散点图

(1)整理结果。


17

(2)R语言绘制散点图

setwd("D:/desk/speed/data_1/behavior/R")
library(xlsx)
workbook="D:/desk/speed/data_1/behavior/28lapse_tha.xlsx"
data0=read.xlsx(workbook,1)
print(data0)
#散点图
library(ggplot2)
library(ggpubr)
# Add regression line and confidence interval
# Add correlation coefficient: stat_cor()
p=ggscatter(data0, x = "lapseu", y = "thau",size = 1,
            xlab = "Altered lapse(SD-RW)",
            ylab = "Altered Tha_R signals(SD-RW)",
          add = "reg.line")+
  stat_cor(method = "pearson", 
           label.x = 0, label.y = 2)
p
ggsave("lapse_tha.png",p,path="D:/desk/speed/data_1/behavior/R/picture",
       width=1200,height=1000,dpi=300,units="px",limitsize = F)

(3)结果


18结果

相关文章

  • FMRI图像与行为学数据相关性分析

    引言 我们经常会用到图像与行为学指标的相关性分析,趁着最近刚好在做这个工作,就把具体的流程记下来,以便后续查阅。 ...

  • 七、什么是图像?

    对fMRI数据执行的许多操作都涉及图像转换。我们将概述基本的图像处理操作,这些操作对于功能磁共振成像数据分析的许多...

  • LSB密写分析-RS分析

    卡方分析及信息量估计法利用图像直方图特性分析,RS分析与GPC分析利用图像空间相关性进行分析。RS分析,简单来说,...

  • 空间组数据和单细胞数据的相关性分析(Seurat)2022-05

    相似关键词 单细胞数据集相关性分析 空间组与单细胞数据集相关性分析 空间组数据集相关性分析 适用背景 近年来,单细...

  • 相关性及PCA分析

    简要介绍相关性及PCA分析 1、 相关性分析 本次使用数据如下所示: 加载数据 相关性分析 结果如下 2、PCA分...

  • 相关性分析的TIPS

    相关性分析 tips:相关性分析不要局限在数值型数据和数值型数据之间(散点图),还有其他的相关性可供分析: 1.数...

  • 2018-03-07

    Python文本数据与图像数据分析的常见技术文本分析:清洗与常见算法a) 正则表达式b) 分词与关键字提取图像分析...

  • FMRI功能连接分析学习记录

    一、功能连接定义 在FMRI中功能连接是指空间上距离较远的脑区之间活动的相关性。 二、功能连接分析的目的 如果得到...

  • T1norm与EPInorm配准方法对fMRI数据分析的影响

    T1norm与EPInorm配准方法对fMRI数据分析的影响 来自新墨西哥州The Mind Research N...

  • 机器学习笔记01——数据EDA(探索性数据分析)入门

    知识点 数据属性分布分析(概率密度分析/是否呈现正态分布) 数据属性与Target之间的相关性(correlati...

网友评论

      本文标题:FMRI图像与行为学数据相关性分析

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/ahjlortx.html