如何用R获取GEO样本信息

以GSE111229为例

1.下载并保存GEO数据

下载有error可以：设置镜像、翻墙、rm(list=ls（）)一下重试...

library(GEOquery)
GSE_name = 'GSE111229'
options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) #windows系统
gset <- getGEO( GSE_name, getGPL = F )
save( gset, file = 'gset.Rdata' )

2.加载GEO数据

gset包含下载的所有信息
由于gset是列表，故将其转为可操作的数据结构Gset

load("gset.Rdata")
Gset <- gset[[1]]

image.png

3.用GEOquery里的pdata函数获取样本信息

看一下pdata的结构，很明显是数据框

pdata<-pData(Gset)
class(pdata)
View(pdata)

image.png

4.dim查看行列 colnames查看列名

dim(pdata)
colnames(pdata)

完成

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法2

直接从GEO网站下载

1.百度搜索GEO

image.png

2.进入sample

image.png

3.输入GEO号search一下，导出即可

image.png

4.获得csv文件，完成

image.png

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参考来源：生信技能树

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