如何用R获取GEO样本信息
1 下载并保存GEO数据
- 下载有error可以：设置镜像、翻墙、rm(list=ls（）)一下重试…
library(GEOquery)
GSE_name = 'GSE111229'
options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) #windows系统
gset <- getGEO( GSE_name, getGPL = F )
save( gset, file = 'gset.Rdata' )
2 加载GEO数据
- gset包含下载的所有信息
由于gset是列表，故将其转为可操作的数据结构Gset
load("gset.Rdata")
Gset <- gset[[1]]
image
3 用GEOquery里的pdata函数获取样本信息
pdata<-pData(Gset)
class(pdata)
View(pdata)
image
4 dim查看行列 colnames查看列名
dim(pdata)
colnames(pdata)
方法二
1.百度搜索GEO
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2.进入sample
image
3.输入GEO号search一下，导出即可
image
4.获得csv文件，完成
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