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时空多样本聚类分析导论
时空多样本聚类分析导论
作者:
单细胞空间交响乐
| 来源:发表于
2022-08-18 16:41 被阅读0次
作者,追风少年i
周四了,有同学结婚,送上祝福,如果女娲造人的时候也给我捏了个对象,那也祝福我们,没有那算了。
今天我们来分享时空多样本聚类分析导论,关于多样本聚类分析,单细胞数据是很常见的手段,不同的群代表了不同的细胞类型,依据经典的marker gene可以定义每个cluster,无论是单核还是单细胞,分析注释的结果图类似下图:
单细胞注释
那么我们来讨论关于空间转录组的聚类结果,空间转录组最开始分析的时候几乎完全按照单细胞的思路,把每个spot当成单细胞数据分析的每个细胞,二维坐标一般不使用TSNE和UMAP,空间本身的坐标就是最好的诠释,如下图:
空间聚类
按照单细胞的思路,每个群代表了一种细胞类型,最开始有老师这么做,没有一个可以成功,因为本身每个spot含有多个细胞,组织作为一个混合统一体,细胞之间是一种相互混合的状态,所以不可能按照这个思路来分析空间的聚类信息。
当然了各个软件的官网也只是相互借鉴,简单的展示了空间的降维聚类的分析结果,例如Seurat,给出了空间的聚类结果信息:
空间聚类
但是Seurat并没有过多的解释什么,没有说明每个聚类代表了什么,当然作者也知道不可能代表了某种细胞类型,所以在教程中写入了单细胞空间联合分析的方法与结果,表征每种细胞类型在空间上的分布,如下图:
单细胞空间联合分析
那么问题就来了,空间聚类的意义到底是什么?
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本文标题:
时空多样本聚类分析导论
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https://www.haomeiwen.com/subject/aipegrtx.html
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