标题:对大量数据序列的交互式探索索引
本文于2016年VLDB Journal的ADS: the adaptive data series index属于同一篇,期刊版本的更为详细,这里二合一做讲解。
编者的总结
- ADS整体体现的就是一个非物化(non-materialized)的思想,这个思想在之后也是被广泛使用的。
- ADS-Full实际上相当于提前把SAX表算出来(速度很快),然后用SAX建树,最后统一写数据。理论上,应当比isax2.0+要更快一些。
编者的思考
- ADS+的小叶子threshold竟然在实验中被设置为10,我预估这将大大影响召回率、准确率等,查询效果在全文被严重忽略。
- SIMS精确查询算法中的skip sequential scan在代码中如何体现,最终是否是顺序磁盘读,有没有理论根据,这些还有待考究。
ABSTRACT
核心思路就是先把用户需要query那部分数据进行索引,用不到的先不索引。
1. INTRODUCTION
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3. THE ADAPTIVE DATA SERIES INDEX
3.1 The ADS Index
尽量减少索引构建过程的I/O,在ADS中,iSAX-Tree中只保留iSAX表示,不会在叶子节点保存源数据。I/O过程只在必要的时候(query中用到了),才会真正执行。
3.1.1 Index Creation
image.png索引构建过程,只会顺序扫描源数据,用以生成iSAX表示,把这些iSAX表示和源数据指针置于buffer(FBL, First Buffer Layer),直到内存满,然后开始处理,把buffer里的iSAX逐个插入索引树,叶子节点的iSAX表示各自存入一个buffer(LBL, Leaf Buffer Layer),然后刷入磁盘。之后重复这个过程。
- 实际上就是非物化的iSAX索引构建。
3.1.2 Querying and Refining ADS
Query首先要定位到具体的叶子节点,如果叶子节点是PARTIAL的,那就取出所有的文件指针,进行排序,然后到磁盘里读出来,读到LBL中,如果内存满了,就把LBL中的源数据序列,写到磁盘里,此时叶子节点就是FULL状态的了。
- 查询的过程,实际上也是逐渐物化的过程。
精确查找,首先是以近似查找来确定BSF,然后扫描全部进行剪枝。
3.2 The ADS+ Index (Adaptive Leaf Size)
ADS+是ADS的一个进阶版本,正如Intruduction中的第二张图,Leaf Size对构建和Query的影响是一个trade-off,难以兼顾。因此本文的方案是,提供两种leaf size,一种大leaf,用于构建;一种小leaf用于query。
query的时候如果到了一个大leaf,则要读出iSAX表示,然后继续分裂,直到找到target leaf(小leaf sieze),对其中的序列读出,并写入磁盘,变成FULL状态。同时,对于非target route上的新生成的leaf node,仍维持其PARTITAL的状态,不必读取。
以此通过逐层延缓具体I/O,提升效率。
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3.3 Partial ADS+ (PADS+)
PADS+进一步缩短了DATA-TO-QUERY的时间,它只顺序读一遍源数据,计算iSAX,直接放到第一层的iSAX,作为一层FBL,如果内存不够存,就都刷到磁盘上。qurey的时候基于这个很大的FBL进行分裂,查询,target leaf node将最终把数据序列读出,计算距离,并写入磁盘。
这种方式尤其适合于只需要少量的近似查询,或者workload非常偏斜的情况。
3.4 Updates
插入会在源数据上append一条,计算iSAX,插入到iSAX-Tree中,对于FULL leaf node,要做好标记,方便下次query的时候做整合。
删除只要做出标记就可以,之后的insertion会复用那些空间。
3.5 Full index construction: ADS-Full
如果一定要一个物化版本的isax(查询快),ADS-Full就是一个方法。
方法也很简单,首先扫数据集生成iSAX表示,利用这些iSAX表示建成整棵树,最后将源数据插入iSAX树对应的叶子节点,这一步利用LBL。
4 Exact query answering for ADS+
精确查询分两步走:
- 多线程并行扫内存SAX表,算出一个MINDIST表;
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由于SAX/MINDIST表在偏移量上和数据表是对齐的,因此从前到后顺序扫一遍源数据表,MINDIST满足条件的就读出来计算真实距离。
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作者在文中称这种磁盘读的方式为skip sequential read/ sequential reads。
然而实际上,这种方式相比于随机读取,是否真的有速度提升?或者说在物理磁盘上,这种方式真的是顺序的么?编者对此持怀疑态度。
6. EXPERIMENTAL EVALUATION
比较对象主要是iSAX2.0,而且为其补充了查询时的LRU buffer。
Interl Xeon machine with 64 GB内存, 4x 2TB, SATA, 7.2K RPM Hard Drives in RAID0.
算法都是C语言写的。
6.1 Reducing the data to query time
6.1.1 构建时间
500GB数据集Randomwalk。
- 由于IO次数大幅度减少,构建效率提升了很多倍。
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文中一个例子,20K叶子大小时,iSAX2.0是8h,ADS是半小时,主要就是IO时间大幅缩减。
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6.1.2 data-to-query time
- 构建时间的缩短是以查询时间变慢为代价的,因为需要在查询时不断物化,因此ADS的查询时间是比较夸张的,相比于已经物化过的iSAX2.0.
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好在构建时间是很短的,可以很快开始查询来弥补这一不足。
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相比于ADS,ADS+的查询效率有大幅度提升,甚至超过了物化的iSAX2.0。其原因在于每次取的只是一个小叶子,IO方面要胜过iSAX2.0,但是查询精确程度方面就要降低一个档次,因为毕竟检索的序列数少了很多。
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6.1.3 Choosing the query-time leaf size
作者实际去做了各种query,根据磁盘页利用率最终选择了10,这样一个超小的leaf size。虽然磁盘利用率和查询时间都很不错,但是最重要的查询精确度将会大打折扣,这是作者没有考虑的问题。
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6.1.4 Data Touched
这张图从本质上揭示出,ADS+查询速度快,主要是由于其小叶子节点太小,load的数据非常少。
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6.6 Fast full index construction
- 这里的iSAX2.0实验比原版实验快了非常多(500M,100h),有可能是机器的性能不同,这里持怀疑态度。
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因此这也无法与iSAX2+进行比较。
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6.7 Efficient exact query answering using SIMS
在这里,作者说ADS+(SIMS精确查询算法)在大数据集上,剪枝主要发生在磁盘页的层面上。而一页又不止一个序列,因此浪费了大量的时间在读取无用的序列上。
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左图是构建时长,右图是精确查询时长。
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