五、细菌种属丰度
在不同进化分类水平上分析细菌群落结构，可以通过summarize_taxa_through_plots.py命令：
该命令包括三个步骤：根据分类概述OTU；分类概述；作图
（1）对每个样品进行概述：
summarize_taxa_through_plots.py -o taxa_summary -i otu_table.biom -m Fasting_Map.txt
（2）根据Mapping文件，按某一标准进行概述（均值）
summarize_taxa_through_plots.py -o taxa_summary_by_treatment -i otu_table.biom -m Fasting_Map.txt -c Treatment
以上两步最终得到两个文件夹，一个储存不同分类水平上细菌丰度，一个储存图片。
六、Alpha多样性
（1）计算样品的Alpha多样性
统一测序深度
single_rarefaction.py -i otu_table.biom -o otu_table_even100.biom -d 100
计算多样性指数
alpha_diversity.py -i otu_table.biom -m chao1,PD_whole_tree -o adiv_chao1_pd.txt -t rep_set.tre
常见的Alpha多样性指数：http://scikit-bio.org/docs/latest/generated/skbio.diversity.alpha.html
（2）利用Alpha多样性指数构建稀释曲线
alpha_rarefaction.py -i otu_table.biom -o arare_max100/ -t rep_set.tre -m Fasting_Map.txt -e 100
该命令包括以下四个步骤：
生成稀释的OTU table
multiple_rarefactions.py -i otu_table.biom -m 10 -x 140 -s 10 -n 2 -o rarefied_otu_tables/
该步骤根据设定的参数值进行取样，-m 取样起始的序列条数；-x 最大取样序列条数（终止值）；-s 步长；-n 每步取样的重复个数。最终结果得到一系列的OTU table.
计算每个OTU table的Alpha多样性指数
alpha_rarefaction.py -i otu_table.biom -o arare_max100/ -t rep_set.tre -m Fasting_Map.txt -e 100
计算每个OTU table的Alpha多样性指数，区别在于输入为文件夹，输出结果亦为一文件夹。
合并
collate_alpha.py -i alpha_div/ -o collated_alpha/
对上一步得到的输出结果进行合并，得到一个单独文件
作图
make_rarefaction_plots.py -i alpha_div_collated/ -m Fasting_Map.txt
利用上一步得到的文件和Mapping文件得到稀释曲线，-g 设置图片文件格式，默认png；-d 设置图片分辨率，默认75。
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