R语言：如何生成相关系数矩阵来画热图

范例数据文件（txt）是一个20个样本，30个基因的表达量表格矩阵。每一行是1个基因，每一列对应1个样本。

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01 计算相关系数
在R语言里面，相关系数的命令是cor。这个命令是可以计算两个向量的相关系数。但你如果输入数据是数据框的，而且cor命令自动计算所有列（向量）的两两相关系数（范例文件列方向正好是样本）。
02 绘制热图
绘制热图可以使用pheatmap这个命令。
代码如下：

ibrary(pheatmap)   #加载pheatmap 包；

data=read.table("exp_top30.original.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")

matrix=cor(data)   #计算相关系数；

write.table(matrix,"coefficient_matrix.txt",sep="\t")    #将相关系数计算结果输出存储到你的电脑里，存储为1个txt文件；

pheatmap(matrix,cluster_rows=F,cluster_cols=F,display_numbers=T)   #行和列都不聚类，并且在热图中显示数值；

效果图：

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如果要计算每一行的相关系数（这里行方向是基因，即行间相关系数就是基因间的相关系数），则需要对矩阵做个转置，即行列对调，使用t（）命令即可。
代码如下：

library(pheatmap)   #加载pheatmap 包；

data=read.table("exp_top30.original.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")

data=t(data)   #对数据做转置；

matrix=cor(data)   #计算相关系数；

write.table(matrix,"coefficient_matrix.txt",sep="\t")   #将相关系数计算结果输出存储到你的电脑里，存储为1个txt文件；

pheatmap(matrix,cluster_rows=F,cluster_cols=F,display_numbers=T,fontsize_number=4,number_format = "%.2f")   #注意，由于格子比较多，所以用fontsize_number定义了格子中数字的字体大小, number_format 可以控制有效小数的位数，这里是保留两位小数；

效果图：

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另外，如果想在相关系数的结果中同时计算p value,实用函数技巧之相关性矩阵图: http://www.omicshare.com/forum/thread-819-1-12.html