BAM 文件是一种存储高通量测序数据比对结果的二进制格式。
要获得 BAM 文件中的 reads（reads 通常指单个测序反应生成的序列，而 pair-end reads 会以两个 reads 的形式出现）总数，您可以使用samtools view命令：
samtools view input.bam | wc -l
这个命令会输出 BAM 文件中非头部行的总数，每个 read 占一行，因此这个数字就是 reads 的数量。如果是 pair-end 数据，这个数字将是 reads 的两倍。
要统计 BAM 文件中的总碱基数量，您可以使用samtools和seqtk：
samtools view -c input.bam && samtools view input.bam | seqtk seq -A | wc -l
第一条命令samtools view -c input.bam统计 BAM 文件中的 reads 数量。第二条命令提取所有 reads 的序列，并用wc -l统计碱基对数量，这里假设 FASTA 格式每行包含一个碱基对。
IGV需要的文件：比对文件为 bam和bam.bai文件 参考基因组文件...
1.bam文件读取 samtools view xxx.bam samtools view xxx.bam |le...
前言 如果对较大的bam文件进行操作时，往往相当耗时，所以将一个很大的bam文件分割为几个较小的bam文件，在并行...
常用samtools的命令： samtools view命令：查看sam，bam文件，进行sam及bam文件的转换...
what is bam bam（或者是sam，cram）文件，是比对后拿到的文件，sam文件是纯文本，非常占用存储...
bam文件在进行后续分析前，需要进行排序，samtools的安装见文章：sam文件转换为bam文件——SAMtoo...
Part 3 Samtools view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件...
Bam (Binary Alignment/Map) bam文件是Sam 文件的二进制压缩格式，保留了与sam 完...
这里是佳奥！ 获得了比对的bam文件，生成了index的bai文件，生成了比对结果stat文件。 合并bam文件和...
在对bam文件进行排序后，需要去除重复序列，以减少后续分析的计算压力。 sam文件转换为bam文件——SAMtoo...
本文标题：bam文件
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