SAMtools——bam文件去重

在对bam文件进行排序后，需要去除重复序列，以减少后续分析的计算压力。

sam文件转换为bam文件——SAMtools - 简书 (jianshu.com)

SAMtools——bam文件排序 - 简书 (jianshu.com)

1. 标记重复序列

$ gatk MarkDuplicates -I LPF1_R1_MP.rg.sort.bam -O LPF1_R1_MP.rg.sort.marked.bam -M LPF1_R1_MP.rg.sort.dups.txt

2. 去掉重复序列

picard安装：
picard——修改BAM文件的Read Group - 简书 (jianshu.com)

$ picard MarkDuplicates \
       REMOVE_DUPLICATES=true  \
       I= LPF1_R1_MP.rg.sort.marked.bam \
       O= LPF1_R1_MP.rg.sort.dup.bam \
       M= out.txt

3.生成索引

$ samtools index LPF1_R1_MP.rg.sort.dup.bam

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