一、领导单位
直属海关：直接由海关总署领导
隶属海关：就本关区内的海关事务独立行使职权，向海关总署负责。
二、管辖职责
直属海关：承担着在关区内组织开展海关各项业务和关区集中审单作业，全面有效地贯彻执行海关各项政策、法律、法规、管理制度和作业规范的重要职责，在海关三级业务职能管理中发挥着承上启下的作用。
隶属海关：由直属海关领导，负责办理具体海关业务的海关。
两者的关系为领导与被领导的关系。
简单来说,直属海关就是来订些条条框框,具体的执行就是隶属海关来做的。就拿进出境监管来说,直属海关规定,该怎么来监管等等,然后隶属海关就是执行。
海关的职能
1、对进出口货物、旅客行李和邮递物品、进出境运输工具，实施监督管理，有的称作通关管理，有的称作保障货物、物品合法进出境。
2、征收关税和其他税费。
许多国家海关除征收关税外，还在进出口环节代征国内税费，例如增值税、消费税和石油税等。有些国家海关，还征收反倾销税、反补贴税和进口商品罚金等。
3、查缉走私。
各国海关部对逃避监管、商业瞒骗偷逃关税行为进行查缉，尤其对走私禁止和限制进出境的货物、物品，特别是毒品，每一个国家海关都加大查缉力度。
4、其他部分或个别国家海关具有的特殊职能
如编制对外商品贸易统计、保税管理、沿海巡逻警戒、管理航行一级保护版权和专利权等。
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