目录：
一，ceRNA假说
二、常规操作
三、团结一切可以团结的力量
四、没有条件创造条件
五、1+1=2，得不偿失
六、趋势和选择
七、相关的数据库和工具
最近听小伙伴说关于ceRNA的研究又多了起来。
其实做ceRNA 的无非两种：
一种是ceRNA太重要，没得选；一种是不知道做什么，没得选。
一、ceRNA 假说
ceRNA也就是竞争性内源RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)的相互作用机制假说,即含有miRNA反应元件(MRE)的ncRNA通过与miRNA结合,解除miRNA对靶基因的抑制作用。
后来经过补充ceRNA的类型为：lncRNA、circRNA、Pseudogene。（参考文献：ceRNA in cancer: possible functions and clinical implications）
ceRNA机制广泛存在于胃癌,结肠癌和膀胱癌等各类癌症中,并且在肿瘤的基因调控及肿瘤细胞的增殖,侵袭,转移,凋亡,细胞周期等生物过程中发挥作用，作为诊断，预后，治疗，耐药各个时期，各个方面都很有作用。
大家觉得ceRNA这个点是不是有点过时，不是，它只是没有那么热而已，毕竟到现在也不过十年光阴。（参考文献：A ceRNA hypothesis: the Rosetta Stone of a hidden RNA language?）
二、常规操作
由于目前有很多的文章进行过ceRNA的讲解，生信人就不在赘述过程，直接汇总思路给大家。
正如大家在做分析中遇到的情况一样，选择ceRNA分析的有两种可能，第一种是除了ceRNA不会做别的，因为太重要，第二种是实在不知道做什么，因为没选择。
不管是哪一种可能，大概的分析思路都是一样的，选择一个疾病或者癌型，针对不同的mRNA、miRNA、lncRNA（最为常见）进行差异分析，然后借助各大数据库进行DeceRNA网络构建，再对得到的网络进行筛选上下调一致的进行预后分析，构建模型，模型验证。(Biomarker Discovery for the Carcinogenic Heterogeneity Between Colon and Rectal Cancers Based on lncRNA-Associated ceRNA Network Analysis)
三、团结一切可以团结的力量
由于ceRNA研究的太多，很多杂志要求数据过于单一的情况下，需要对ceRNA进行试验验证。
在这种情况下有很多新奇的思路出现了，他们或通过增加分析的难度，数据的复杂度，基因集的特异性来使得分析思路有所新奇，试图创意上加分，避免进行试验验证的巷战，这个想法堪称优秀。
举例来说数据上的有诊断模型和预后模型合二为一的，有同时构建两个ceRNA网络的，有利用多套数据集分析和验证的，有选择特定基因集的，比如缺氧，比如自噬等。还有一些在技术分析上增加难度，就是联合一些其他的技术和数据，比如突变数据，比如免疫数据，WGCNA分析，可变剪切，机器学习等。
总结一句话就是，团结一切可以团结的力量。
四、没有条件创造条件
大家都知道，ceRNA思路涉及三个数据类型lncRNA、miRNA、mRNA，最少涉及两组数据，miRNA和mRNA测序。如果是自己设计实验，最好能保证是同一个样本的这些数据，最好是同一批次的。
如果是公开数据库，TCGA的数据还算是齐全，GEO的数据就有点让人麻爪了，很难能找到属于同批次样本的多个组学的数据。
但是大家也会看到现在即使不属于同批次样本的也照样做ceRNA分析。只不过这种操作属于擦边球，就说自己构建了一个多因子的网络，也不涉及差异和上下调。
这种操作，如果实在没数据，试试也可以，属于没有没有条件创造条件。
五、1+1=2，得不偿失
可以明确的是别人挖掘过的数据，我们还可以挖掘，别人做过ceRNA思路的，我们还可以做。
但是不能说我们做的时候，多团队，多联合就一定出好的结果，影响因子就一定高。
除非，你的工作量超级大，让审稿人看到你的真诚。
对于这种操作，小编还是建议关注我们公号的小伙伴，已经入坑的尽快出坑，没有入坑的，别再入坑。
六、趋势和选择
到这一步，差不多大家也懂了ceRNA分析的趋势，或者说生信发文的趋势，就是立足自己的研究，思路为主，生信执行方案为辅。
对于想发高分的两个选择一个是越来越泛，一个是越来越专。
越来越泛是指分析中涉及多个疾病，多套数据，多个时期，多个网络，多个指标，不过都是浅尝辄止。这种分析任务量大，书写不容易深入，不适合临床医生。
越来越精准这个思路指的是研究的单个疾病，甚至就是某个疾病的某一个状态，单个基因，单个调控机制，甚至单个基因的某个保守区域，序列。这种由于涉及的是单个疾病，可以围绕其深入展开，容易发挥临床医生的优势。建议大家选择这一种。
七、相关的数据库和工具
生信人关于ceRNA推广过的可以参考的文章数据库和工具整理通过生信人小程序汇总给大家。
希望大家能清楚的把握趋势，避免过度生信。如果有想深入研究的想法，欢迎@小编。
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