计算多个突变体中突变基因（并集）的数目

#计算突变体中的pan基因

import sys

from itertools import combinations

input1 = open(sys.argv[1],'r') #含有样本名称的文件

input1_line = input1.readlines()

out = open(sys.argv[2],'w')

sample_lst = [] #创建含有样本名的列表

for i in input1_line:

    l = i.strip().split('\t')

    if l[0] not in sample_lst:

        sample_lst.append(l[0])

    else:

        pass

all_lst = [] #创建含有所有样本可能组合的列表 例如当抽两个时，三个时

for i in range(1,len(sample_lst)+1):

#for i in range(1,3):

    lst = list(combinations(sample_lst,i))

    all_lst.append(lst)

gene_lst = []

for single_lst in all_lst:

    for com in single_lst:

        gene_lst = []

        for sample in com:

            input2 = open(sample,'r')

            input2_line = input2.readlines()

            for line in input2_line:

                gene_line = line.strip().split('\t')

                gene = gene_line[0]

                #print(gene)

                if gene not in gene_lst:

                    gene_lst.append(gene)

                else:

                    pass

        out.write('+'.join(com) + '\t' + str(len(gene_lst)) + '\n')