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如何寻找基因的启动子——NCBI版

如何寻找基因的启动子——NCBI版

作者: 如期分享 | 来源:发表于2022-04-15 10:35 被阅读0次

    原创 如期生物

    之前给大家介绍了如何使用UCSC数据查找基因的启动子;今天再给各位科普一下如果通过“NCBI”数据库,查找基因的启动子。这次还是以“FAU”为例进行介绍哈:

    网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

    1.打开网址,如下图在下拉菜单栏选择Gene,在搜索框输入感兴趣的基因及物种,点击search

    2.根据目的基因及物种信息单击搜索结果栏中的目的基因名称(注意:检索的结果除了目标物种外还会有其他物种的基因信息,所以选择时注意确认红色圈内的物种及基因信息)

    3.进入目的基因的信息页面后,下拉到“Genomic regions, transcrips, and products”信息栏,并点击FASTA:

    4.页面跳转至基因序列新页面(此次重点关注右上角基因位置信息栏,它显示的是转录本在基因组上的位置信息),如下图:

    5.一般默认基因上游2000 bases为该基因的promoter区域,调整右上角位置数值:如FAU的转录本序列在基因组上对应的位置是在"65120630~65122134",我们需要把它更改为(65118629~65120629),点击Update View;结果如下,右侧的2000bp核酸序列即为启动子序列:

    注意:利用数据库查找的启动子都是一个预测的大致结果,不是准确启动子序列;如果想得到准确的启动子序列,需要进一步进行实验确认。

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