生信从业人员的N个问题(间歇性更新...持续性断更)
ubuntu相关
- chmod的用途,场景
- scp的作用
- 环境变量的用途?怎么添加?
- ~/.bashrc是什么文件
- 命令行下的
~ . / \ |
分别有什么含义,是什么的缩写
- ubuntu的文件系统的由深到浅,简单讲一下。一般执行程序在哪,用户在哪。
- 命令行下的文档编辑软件和文档阅读软件有哪些?简单讲一下怎么用?
- 怎么统计一个文件的行数
- 怎么后台一个程序,怎么后台一个运行中的程序。能否关闭命令行?
- 怎么提升用户权限
- 怎么安装R包
- 怎么添加用户,useradd和adduser区别?
- ln是什么
- 如何在服务器上使用有图形界面的软件
- 需要编译的软件的安装步骤是什么
- 如果没有管理员权限,你怎么安装软件
- R、python如何查看源代码
-
> >> 2>&1
这三个分别是什么含义,有什么区别
- stdout是什么,还有两个同类的是什么
- 如何在无图形界面的服务器上看图片
-
./script.py
和. ~/.bashrc
的第一个句号含义一样吗?
- ubuntu的文件系统的构造大致是如何的,
/
、/home/
、/usr/bin
、/etc/
分别都是放什么的
- ubuntu文件系统中常出现的bin是什么,跟windows的bin一样吗
- 如何给apt换源,源是什么。
- apt与dpkg的关系是什么
- 错误的给环境变量添加了一个目录,如何删除。
-
export PATH=/home/xx/miniconda/bin:$PATH
,这句命令有没有错,可能会出什么问题
- 如何安全地使用sftp与非服务器用户交流传输文件。
- 安装软件中,
make ; ./configure
分别是什么意思
- git和其它vcs(Version control system)的最大不同在哪
-
人类基因组学
- sam bam是什么
- 简单讲一下能够处理sam相关的工具
- alignment是什么,assembly是什么,什么时候用什么
- 简单说说二代测序原理
- vcf bcf是什么
- fastq和fasta的区别
- quality是什么,有几种
- ref 和alt的表现形式有多种吗?什么情况下有
- 不同格式的文件如vcf和sam,位置信息能通用吗?为什么
- 如何从一个sam里切出需要的区域,output为fasta
- 请说出最常用的几个数据库(数据库又分为很多种)
-
16s微生物组
- OTU是什么,为什么要分OTU
- rarefaction curve是什么
- subsampling 是啥
- chimera 是啥
- 对OTU table筛选的意义是啥,例如otu size < 2
- 如果分析需要做物种分布,你手头上只有个otu table和代表序列,应该怎么做
- biom跟otu table的区别
- zotu或者说ESV是什么
- 该领域研究中的常规分析包含哪些。
- OTU picking有三种策略,有de novo,close-reference, open-reference,分别是什么含义。
python
- 如何写一个批量脚本
- 常用的包
- 怎么罗列某目录的文件·
- 如何在python里运行其他软件
- 如何安装软件,如果pip中没有
- 画图有什么包
- 一个terminal中执行函数,出现bug但是查看函数的原代码没有错误,有什么可能性?
- 如何在ide(ipython、pycharm)中使用或导入已有的python脚本
- 字典的好处在哪,坏处
- subsampling(重采样)怎么实现
- 如何执行一段字符串
-
__name__ == '__main__'
是什么含义。
-
reload pandas
的意义在哪
- list能否作为dict中的key,为什么
- 格式化字符串的几种方法
- 如何制作一个不用经常修改内部代码的可执行脚本,即如何接受外部变量并使用其作为脚本的变量来使用
- 在python2.7,使用
datas = [data for data in iterator]
可能会出什么问题。
R
- 直接从read.csv读入一个文件后,如何以某一列为遍历用的list,来进行循环。(提示:直接写循环是会报错的,需要类型转换,那么如何转换?转换成什么?)
python
- import一个库,用的多了经常会出现些问题,那么从那里开始解决这些问题。
数学
- 讲一下MDS、PCA、LDA是什么· ,目的是什么?
- subsampling是什么
- 简单说说HMM是什么,
-
数据分析
-
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