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获得DNA的反向(互补)序列

获得DNA的反向(互补)序列

作者: 今天没回家 | 来源:发表于2021-01-14 19:35 被阅读0次

    本方法依赖于emboss,安装方法:

    如果未安装
    conda install -c bioconda emboss
    vi test.fa
    >123
    AGCTAGCTAAAA
    >456
    AAAATTTTCCCC
    

    使用方法:

    反向互补:
    revseq -sequence test.fa -outseq output.fa -notag
    
    cat output.fa
    >123
    TTTTAGCTAGCT
    >456
    GGGGAAAATTTT
    
    反向不互补:
    revseq -sequence test.fa -outseq output.fa -notag -nocomplement
    
    cat output.fa
    >123
    AAAATCGATCGA
    >456
    CCCCTTTTAAAA
    
    
    互补不反向:
    revseq -sequence test.fa -outseq output.fa -notag -noreverse
    
    cat output.fa
    >123
    TCGATCGATTTT
    >456
    TTTTAAAAGGGG
    

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