2021-04-19 用于筛选近交系数的R代码

之前写的R脚本用于筛选fit小于0.8的值

[lyc@200server ~]$ vim fit.R

data<-read.table("plink.hwe")
A<-data.frame(data[,])
A$Fit<-1-as.numeric(A[,7])/as.numeric(A[,8])
clean2fit<-subset(A,Fit>0.8)
write.table(clean2fit,"/home/lyc/clean2fit.hwe")

scp报错：not a regular file
原因是 这样是相当于下载文件夹，而非文件。上传文件夹同样用-r

解决办法是 scp后加参数 -r

data<-read.table("/Users/lyc/Desktop/head50.hwe")
A<-data.frame(data[,])
A$Fit<-1-as.numeric(A[,7])/as.numeric(A[,8])
write.table(A,"/Users/lyc/Desktop/allfit")
Fit<- A[,10]
hist(Fit,freq=T)
axis(1,c(0,0.5,1,1.5,2))
clean2fit<-subset(A,Fit>=0.8)
Clean2fit<-clean2fit[,10]
hist(Clean2fit,freq=T)
write.table(clean2fit,"/Users/lyc/Desktop/clean2fit.hwe")

修改之后的脚本，可以输出筛之前的fit和筛之后的fit

是烟草基因型vcf数据
以及对应的map、ped文件