【小结】2018-10-16目前遇到的问题和可能的解决方案

1. htseq-count -s no -r pos -f bam ~/rna_seq_analysis/aligned/SRR5894155_sorted.bam ~/rna_seq_analysis/human_genome/gencode.v28lift37.annotation.sorted.gff3 > ~/rna_seq_analysis/aligned/SRR5894155.count

htseq-count -s no -r pos -f bam ~/rna_seq_analysis/aligned/SRR5894156_sorted.bam ~/rna_seq_analysis/human_genome/gencode.v28lift37.annotation.sorted.gff3 > ~/rna_seq_analysis/aligned/SRR5894156.count

太慢，太占内存，计划回去用服务器做，需要在服务器上安装htseq-count （done）

2.  那就先把之前下载的ZIKV infected vs wt ，sra文件转为fastq格式

fastq-dump.sh (done)

3. mapping得到的sam文件太大。。。这个过程自然也很慢。。

计划回去用服务器做～(hisat2在服务器上怎么老是出错，做不了)

目前只能等得到sam文件后赶紧将其用samtools处理成sorted_bam

4.  那就继续往下走吧。。。。

5. blast