Mapping Ion Torrent Data used Novoalign 

What：比较Novoaligin和TMAP程序在比对Ion Torrent数据时的准确性

Why：从NCBI上下载NA12878的Ion Torrent数据，12x，数据量较大（对于novoalign），如果使用Novoaligin估计需要几天甚至更长的时间；顺便测试NovoaliginMPI

Configure：集群，每个计算节点120G内存、40个线程

环境：Centos 6.5、MPI Version:5.0.1、ssh不能用于登陆计算节点

MPI5.0.1 and NovoalignMPI

启动MPIboot

```

    $ mpdboot --file=hosts.txt --totalnum=10 -r rsh

```

启动后，登陆节点被当做计算节点启动，没找到办法去掉登陆节点。

测试MPI

```

    $ mpiexec -np 80 ./mpich-3.2.1/examples/cpi

```

可以看到各个线程返回的结果，其中包括登陆节点...

测试NovoaliginMPI

```

    $ mpiexec -np 400 novoalignMPI -d hg19.kayrotype.nix -f SRR1238539.fastq -x 6 -g 20 -o SAM '@RG\tID:readgroup\tSM:sample\tPU:platformunit\tLB:library' 2>> NovoalginMPI_test.log 1> SRR1238539.sam

```

这里发生错误，每一个线程返回以下内容：

Fatal error in PMPI_Init_thread: Other MPI error, error stack:

MPIR_Init_thread(474).................:

MPID_Init(190)........................:channel initialization failed

MPIDI_CH3_Init(89)....................:

MPID_nem_init(272)....................:

MPIDI_CH3I_Seg_commit(366)............:

MPIU_SHMW_Hnd_deserialize(324)........:

MPIU_SHMW_Seg_open(865)...............:

MPIU_SHMW_Seg_create_attach_templ(637): open failed - No such file or directory

有些文件好像没找到？？？在看mpd demon进程的日志：

zhswser01_mpdman_104 (handle_pmi_input 1653): unrecognized pmi msg :cmd=abort exitcode=4239887

没有发现什么有用的东西，继续检查，发现：

novoalignMPI 使用的MPI版本是3.1，我们HPC上的版本是5.0.1，HPC上的MPI 5.0.1进过测试是可以使用的，那么极有可能是MPI版本之间不兼容导致的问题。

MPI3.1 and NovoalignMPI

重新布置了autoconf=2.6.7、automake=1.12.3、libtool=2.4.2三个包，因为在执行autogen.sh（mpich-3.1下）时给出版本过低。

设置以下变量：PATH、C_INCLUDE_PATH（gcc）、CPLUS_INCLUDE_PATH（g++）、LD_LIBRARY_PATH（动态链接库）、LIBRARY_PATH（静态链接库）

mpich编译的时间很长，使用了20个线程，命令：

```

    $ ./autogen.sh

    $ ./configure --prefix=$BUILD_PATH

    $ ./make -j 20 && make install

```

使用MPI3.1，发现默认参数得不到结果，后将ssh方式改成rsh，测试：

```

    $ $PATH_TO_MPICH/mpiexec -f host.txt -launcher rsh -np 40 uptime

```

成功返回各个线程的结果，接着继续测试MPI3.1的环境中执行NovoalignMPI

```

    $ mpich_3.1/bin/mpiexec -np 400 -launcher rsh -f hosts.txt novoalignMPI -d hg19.kayrotype.nix -f SRR1238539.fastq -x 6 -g 20 -o SAM '@RG\tID:readgroup\tSM:sample\tPU:platformunit\tLB:library' 2>> NovoalginMPI_test.log 1> SRR1238539.sam

```

返回错误：TTheard： Operation not permitted，所有的进程都返回相同的错误。明显，MPI3.1中使用了TTheard但在执行时发现权限不够，直接使用root权限执行，程序正常运行。

参考：

        使用novoalign比对数据

        运行novoalignMPI

        MPICH2