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在线作图|微生物多样性分析——丰度等级曲线

在线作图|微生物多样性分析——丰度等级曲线

作者: 维凡生物 | 来源:发表于2021-08-12 08:28 被阅读0次

    丰度等级曲线Rank abundace curve

    丰度等级曲线(Rank abundance curve)在群落分析中,可以直接反应群落中高丰度和稀有ASV/OTU的数量,该曲线将每个样品的按其丰度大小延横坐标依次排列,并以各自的丰度值为纵坐标,用折线或曲线将各asv/otu互相连接,从而反应各样本中ASV/OTU丰度的分布规律。

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    TUTU网站工具使用

    云图图(https://www.cloudtutu.com/#/index),操作步骤如下:
    ①登录网址:https://www.cloudtutu.com/#/index(推荐使用360或者谷歌浏览器)
    ②输入用户名和密码(已经为大家填好了),输入验证码后即可登录,无需注册,直接使用,不必担心隐私泄露,是不是诚意满满~
    ③登录后在工具一栏(全部工具)里找到丰度等级曲线,点击进入;
    ④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作,即可在2分钟内获得一张丰度等级曲线~

    Step 01 上传文件
    ※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)
    a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表);
    b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU等;
    c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

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    Step 02 参数设置

    2.1 横/纵坐标字体大小:按需求自行设置
    2.2 图片宽度/宽度:按需求自行设置
    2.3 横/纵坐标标题:请用英文命名

    Step 03 下载文件

    点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

    Step 04 作图后处理
    TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。

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