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在线作图|微生物多样性分析——物种累计曲线

在线作图|微生物多样性分析——物种累计曲线

作者: 维凡生物 | 来源:发表于2021-08-10 08:36 被阅读0次

    物种累计曲线

    物种累计曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。

    一般而言,在样本量较少的情况下,随着样本数量的增加,将有较大可能性发现大量新的物种,此时曲线呈急剧上升状态;当样本数量已经较大时,此时群落中的ASV/OTU总数将不再随着样本数量增加而显著增加,曲线将趋于平缓。因此,通过物种累积曲线可以判断样本量是否充分:若曲线始终保持上升趋势,则表明样本量不足,反之,则表明样本量已足以反应群落的物种组成。在样本量充分的前提下,运用物种累积曲线还可以对物种丰富度进行预测。

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    如何不使用R绘制物种累计曲线
    云图图(www.cloudtutu.com),操作步骤如下:
    ①登录网址:www.cloudtutu.com(推荐使用360或者谷歌浏览器)
    ②输入用户名和密码(已经为大家填好了),输入验证码后即可登录;
    ③登录后在全部工具那一栏找到物种累计曲线,点击进入;
    ④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作~

    Step 1 上传数据
    ※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)
    a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表);
    b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU等;
    c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

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    ** Step 2 参数设置**
    2.1 字体大小:按需求自行设置
    2.2 pch形状选择:“+”、“-”、“*”
    2.3 背景颜色选择1:箱线图之间的连线线条颜色选择
    2.4 背景颜色选择2:阴影颜色选择
    2.5 线条颜色选择:箱线图填充颜色选择
    2.6 筛选显示种类:按需自行选择要用的样本进行作图。(如无需要可以不填)

    Step 3 下载文件
    点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图或者表格。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

    Step 4 作图后处理
    TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。

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