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R中把在特定文件夹下的所有vcf文件进行提取文件名(不含扩展名)

R中把在特定文件夹下的所有vcf文件进行提取文件名(不含扩展名)

作者: bcl_hx | 来源:发表于2019-10-06 22:52 被阅读0次

注:可以用于其他格式文件,只要把所有的vcf改为其他相应的格式

1.清空R中环境变量

2.设置路径(.vcf格式文件所在文件夹)

setwd("/Users/bcl/Desktop/structure/variant")

3.生成.vcf文件的列表

myvcffile=list.files(pattern="*.vcf")       

4.将列表中文件读入环境空间并以文件名作为变量名

list2env(lapply(setNames(myvcffile,make.names(gsub("*.vcf$","", myvcffile))),read.table,header=TRUE,check.names=FALSE),envir =.GlobalEnv)

5.查看环境变量,移除无用的环境变量

ls()                //查看当前环境变量
rm("myvcffile")   //移除环境变量
ls()                    //查看移除后的环境变量

6.把环境变量赋给一个变量并查看

y<-ls()                                       
y     

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