使用R语言绘制折线图

写在前面

昨天我们分享了使用Python绘制折线图的教程，跟着NC学作图 | 使用python绘制折线图,考虑到很多同学基本不使用Python绘图。那么，我们也使用R语言复现此图形。

此外，在前期的教程中，我们基本没有分享过折线图的教程。因此，我们在这里也制作一期关于折线图的教程。在后续的教程，会陆续进行更新。在教程中，小杜会对相关的参数进行注释，尽可能的为大家（自己）后续的绘图提供方便。

该系列的教程，在每个教程末尾我们会提供全部的数据和代码。

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文献中图形

复现图形

欢迎投稿

小杜一直在分享自己平时学习笔记，因此分享的内容大多数是与自己相关的，局限性比较大。我一直在倡导大家一起分享自己学习笔记或教程。分享内容不限于生信教程，可以是文章or文献、遇到的问题及解决方案、学习感悟等等。

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绘图

加载相关包和数据转换

library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(RColorBrewer)

导入数据

##导入数据
df <- read.csv("20230820数据.csv",header = T)
head(df)

提供的数是此类型的数据格式

我们需要的数据格式为

转换方法一：自己手动转换，每个数据进行在Execl中手动转换，总的有38个数据数据，共380行，花费时间1个小时左右。

方法二：

## 转换数据
df_long <- df %>%
  rownames_to_column("type") %>%
  pivot_longer(-type, names_to = "Group", values_to = "Exp")

df2 <- df_long %>%
  select(type, Exp, Group) %>%
  arrange(Group, type)

#数据类型
df2[1:20,1:3]

数据格式

> str(df2)
'data.frame':   380 obs. of  3 variables:
 $ type : Factor w/ 10 levels "1","2","3","4",..: 1 10 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
 $ Exp  : num  8.58 9.94 8.04 11.21 11.41 ...
 $ Group: chr  "A1" "A1" "A1" "A1" ...

绘制基础图形

##'@绘制基础图形
ggplot(df2,aes(Group, 
               Exp, group = type, color = type))+
  geom_point(size = 4)+
  geom_line(position = position_dodge(0.1),cex = 1.3)+
  theme(#legend.position = c(0.2,0.8),
    legend.background = element_blank(),
    legend.title = element_text(size = 15),
    legend.text = element_text(size = 10),
    axis.text.y = element_text(angle = 90)) 

更改X轴的排序

使用factor()即可指定排序顺序。

.....
....
....
..
..

.......详情请移步

输出文件

##输出为pdf
ggsave("20230821-1.折线图.pdf",width = 14, height = 6)
##输出为jpg图片
ggsave("20230821-1.折线图.jpg",width = 14, height = 6)

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往期文章：

1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二

• WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三

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2. 精美图形绘制教程

• 精美图形绘制教程

3. 转录组分析教程

小杜的生信筆記，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!