今天要分享的文章，还要从一篇NATURE GENETICS（IF: 27.603）上的研究说起。

由于严重的拷贝数畸变基因组复杂性阻碍了卵巢癌的有效分子分层，研究人员识别和验证了7个拷贝数特征，以此来解释这种复杂性。此外，作者发现这7个特征能够预测卵巢癌的整体生存率，并且提到在其他癌型中，很有可能具有同样的效能。

今天这篇文章，分析了这7个特征在放化疗治疗的头颈部鳞状细胞癌中的预后效能，果不其然，发现卵巢癌衍生的拷贝数特征能够被识别，并且能够很好预测患者生存。文章九月份发表在INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER（IF: 5.145）。

肿瘤拷贝数改变特征分析思路

卵巢癌衍生的拷贝数改变特征可用于放化疗治疗的头颈部鳞状细胞癌的预后

一、摘要：

DNA拷贝数改变（CNA）在癌症中很常见，最近开发的CNA特征显示了其在分子肿瘤分层中对卵巢癌患者预后和铂耐药性预测的价值。头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）同样具有高度DNA拷贝数改变。作者利用低覆盖率全基因组测序数据和TCGA数据测试了7种特征的预后价值。总之，来自不同癌型的CNA特征是与HNSCC顺铂反应相关的预后标志物，这表明它们与决定患者预后的潜在分子过程密切相关。

二、材料方法：

1.数据：173例荷兰多中心样本低覆盖率WGS；522例TCGA-HNSC样本拷贝数数据。

2.方法：CNA特征计算方法来自参考文献提供R代码；生存分析、cox比例风险模型等都在R环境进行计算。

三、结果：

1. HNSCC中的CNV特征，通过基于CNA特征聚类分析发现，CNA特征与亚型间患者生存存在关联，并且在TCGA数据中发现了同样的结果

图1.HNSCC中CNA特征的分布

2.特征得分的预后价值分析

图2.HNSCC中预后CNA特征

3.特征与顺铂治疗反应相关性分析

图3.CNA签名顺铂累积剂量依赖性与患者结局相关

4.特征与潜在途径相关性分析，表明特征得分与HNSCC患者中已知的预后相关途径具有密切关联

图4.CNA特征与潜在遗传改变和预后生物学因子的相关性有分析意向（http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy）生信人WX公众号

总结：

文章将卵巢癌衍生的CNA特征用于HNSCC，发现了这些特征在HNSCC中的预后作用，并且具有预测治疗反应的潜力，值得进一步研究。需要划重点的是，NATURE子刊的文章提出CNA特征，文章参考这些特征花了一年多发表了5+水平的杂志，而我们的思路分析更全面，时间更短。所以，NATURE GENETICS的文章你能参考些什么？只需要提取7个特征而已！