STR

作者: 晓佥 | 来源:发表于2019-06-06 09:58 被阅读0次

STR基本思路

注:STR中有个点是性别分型:Amelogenin

STR分析流程

STR数据库

https://strbase.nist.gov

STR软件:

一些call snv/indel的软件定点查找也能找到STR,比较麻烦。
TSSV:https://pypi.org/project/tssv/
lobSTR:https://sourceforge.net/projects/lobstr/
STRait Razor:https://github.com/Ahhgust/STRaitRazor#documentation
HipSTR:https://github.com/tfwillems/HipSTR
STRSCan:http://darwin.informatics.indiana.edu/str/

对上面的lobSTR、STRait Razor、HipSTR、STRSCan做了整体的结果对比,同时与GATK,Varscan等call突变的软件进行对比,HipSTR的整体结果更好,且输出结果文件为vcf格式,可读性更强。

补充HipSTR:


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