生信常用数据库（二）：NT 数据库和 NR 数据库搭建

前言

NR和NT数据库是做序列比对经常用到的数据库

下载

下载链接：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/

这两个数据库一直在不断地更新，数据也越来越大，所以推荐使用下载工具aspera，使用教程可参考小编的另一个博客 NCBI数据下载工具：aspera的安装与使用 - 简书

使用以下命令下载：

cd /database/NR
ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh  -QTr -l500m  anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./    

cd /database/NT
ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh  -QTr -l500m  anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./     

安装使用：

这两个数据库下载下来后进行解压，解压完后建立blast的索引即可进行使用，在建立索引之前需要将blast软件bin文件添加到环境变量~/.bashrc中

gunzip -c nr.gz >nr.fa  #解压
makeblastdb -in nr.fa -dbtype prot 

gunzip -c nt.gz >nt.fa   #解压
makeblastdb -in nt.fa -dbtype  nucl      # nt为核酸序列，-dbtype 为nucl

此时该数据库可以直接使用，以NR数据库进行blastp为例

blastp -num_threads 8 -max_target_seqs 1 -evalue 1e-4 -outfmt '6 qseqid qlen qstart qend sseqid slen sstart send pident ppos qcovs bitscore evalue' -db /database/NR/nr.fa.00 -query test.fa -out test.fa.blast

数据库官方参考：https://www.biostars.org/p/235632/

https://www.jianshu.com/p/a29ec02c406a