circos安装（windows版）

circos是基于perl语言编写的，可用于绘制共线性分析之后的各种圈图，功能之强大，由于安装时需要权限，故选择安装在Windows上

1.下载strawberryperl，circos

（1）http://strawberryperl.com/，下载strawberryperl安装包直接安装即可
（2）http://circos.ca/software/，下载3个包：circos-0.69-2.tgz 用于绘图的主要的安装包程序文件；circos-tutorials-0.67.tgz 详细的配置说明；circos-tools-0.22.tgz 可选择的一些工具 （解压）

2.安装

开始 → 运行 → 键入cmd

D:
cd D:\biosoft\circos-0.69-6    #我将circos安装包放在了D:\biosoft\目录下
perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf
#此时会报错，提示missing许多perl模块

3.下载missing的perl模块

到https://metacpan.org/中下载missing的模块

搜索到之后，点击download下载
将下载的所有的模块解压后放在D:\biosoft\circos-0.69-6\lib目录下

4.安装perl模块

注意：perl模块的安装主要有2种方式，具体查看该模块的README或CONTRIBUTING文档

方式一（gmake）：以该种方式安装的模块有config-general\font-tff-font\math-bezier\Set-IntSpan\Statistics-Basic\SVG\Text-Format\Regexp-Common等
以Config-General模块的安装为例：

cd  D:\biosoft\circos-0.69-6\lib\Config-General-2.63
perl Makefile.PL
gmake
gmake test
gmake install

安装成功

方式二（build）：以该种方式安装的模块有Params-Validate\Readonly等
以Params-Validate模块的安装为例：

cd D:\biosoft\circos-0.69-6\lib\Params-Validate-1.29
perl  Build.PL
Build
Build test
Build install

注意：有的模块安装失败，可能是因为其安装还需要依赖于别的模块，注意查看报错信息，诸如安装statistics：：basic模块之前需要安装number：：format模块，否则安装不上

5.测试安装是否成功

cd D:\biosoft\circos-0.69-6    切换到circos的安装主目录下
perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf

运行结束后，会出现circos.png和circos.svg两张图片，说明circos终于安装好了

circos.png

参考：
01 http://www.circos.ca/documentation/tutorials/
02 Circos-Windows实战笔记（安装篇）
03 circos的perl模块安装