ipath 和kegg 通路注释理解

1. iPath 通路分析

• iPath2.0 (http://pathways.embl.de)是一款出色的通路图可视化工具，可用于代谢、调控、次生代谢无合成等各类通路图的分析和定制，当前主要 供三种总体通路全览图:(1)总体代谢通路图，包含 146 个 KEGG 代 谢途径，呈现完整中心代谢信息(如糖酵解、氨基酸代谢等);(2)总体调控通路图，包含 22 个 KEGG 调控 途径(如核糖体、胞内转运系统等);(3)次生代谢物合成途径，包含 58 个 KEGG 次生代谢物合成途径。通 过 iPath2.0，可以概述次生代谢物的生物合成和重要的调控途径，轻松查找复杂的代谢通路差异。
  image.png
  image.png
• 注:上图是总体代谢通路图，下图是总体的调控通路图;每条线段代表不同酶或代谢通路，其中不同颜色线段代 表不同组(或样本)特有或共有的酶或代谢通路，如红色代表 A 组(或样本)，蓝色代表 B 组(或样本)，绿 色代表 A、B 两组(或样本)的共有酶或代谢通路。若为多组(或样本)，线段粗细不表征丰度;若为单组(或 样本)，线段粗细表征丰度。

2. kegg代谢通路图组间差异分析

• 基于 KEGG 注释结果针对某一特定的兴趣通路进行差异酶的检验和可视化分析，对该代谢通路中涉及的酶在多组样本两两间进行 t-test 检验分析组间的差异显著性，并在该通路图上标示丰度和检验分析结果。

  
  image.png