KEGG数据库：查找某个通路上的所有基因

1.kegg数据库下载

通常我们如果已知某个基因，想对这个基因做通路很简单，直接用kegg的网页注释就可以；如果想知道某个通路里相关的所有基因列表，要找全的话只能从数据库里调了。数据库下载方式，参考本文：什么？KEGG数据你竟然还不会下载！！

人类的kegg注释文件下载https://pan.baidu.com/s/1o7XseDG.

A，B开头分别代表KEGG的分类；

C开头代表代谢通路，pathway；

D开头代表该通路里边的基因，其中第二列为ncbi_entrez_id和gene Symbol；

2.kegg数据库各前缀含义

参考KEGG Map基础概念（一）；

1）​K+num，表示在所有同源物种中具有相似结构或功能的一类同源蛋白；（注：K大写）---如，K04456 = 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶；

2）ko+num，表示代谢通路名称，表示一个特定的生物路径；（注：ko小写）​---如，ko04151 = PI3K-Akt信号通路；

3）M+num，表示模块名称​；---如，M00676 = PI3K-Akt信号模块；

4）map+num，表示KEGG中通用​代谢通路图；无色；

5）hsa+num，表示KEGG中某特定物种代谢通路图；该类通路图中通常有绿色方框，表示该方框专属于该物种；hsa是人类的代号，若是别的物种，该代号会变更；

6）​C+num，表示化合物名称；如C00533 = NO （一氧化氮）

7）-.-.-.- ，表示酶的名称；如EC2.7.11.1 = 丝氨酸/苏氨酸激酶（即K04456，AKT）；在代谢通路图中，方框中通常会有-.-.-.-的数字，即表示酶；

8）R+num，表示反应名称；

9）RC+num，表示反应类型；

10）RP+num，表示反应物质对。​

3. 各种ID转换  

去HGNC数据库下载页面，下载protein-coding gene.txt这个文件，里边有各数据库之间的ID对应关系，可轻松应对各种转换。