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用python把文件内容按照染色体编号写出(第十一题)

用python把文件内容按照染色体编号写出(第十一题)

作者: 多啦A梦詹 | 来源:发表于2020-03-05 19:37 被阅读0次

    测试文件见我的github.

    import os
    os.chdir('G:/R/Genome/hsa')
    def readfasta(filename):
        """
        :param filename: ;要读取的FASTA文件名
        :return: 返回基因名:序列的字典文件
        """
    
        fa = open(filename, 'r')
        res = {}
        ID = ''
        for line in fa:
            if line.startswith('>'):
                ID = line.strip('\n')[1:]
                res[ID] = ''
            else:
                res[ID] += line.strip('\n')
    
        return res
    
    def seperatefile(filename, outfile):
        data=readfasta(filename)
        for key, value in data.items():
            (file, ext)=os.path.splitext(outfile)
            fo=open('%s_%s%s' % (file, key, ext), 'w')
            fo.write('>%s\n'%key)
            fo.write('%s\n'%value)
    seperatefile('genome.fa', 'output.fa')
    

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