Qualimap 对比对好排序后的bam文件的一个统计分析

作者: 热衷组培的二货潜 | 来源:发表于2018-09-05 14:38 被阅读3次

8 比对及找变异步骤的质控
Qualimap 对比对好排序后的bam文件的一个统计分析
CHIP-Seq(3):比对及质控
bamdst安装及使用
read depth per BED region with B
文章复现-全外显子数据分析学习7-bam文件载入igv可视化
用julia语言计算测序数据的Insert Size?
【ChIP-seq 实战】五、合并bam和去除PCR重复
IGV的使用
一个不成熟的小脚本，ATAC数据一键预处理从fastq到trea

注意bam文件是按照染色体名称来排序的bam文件即

image.png

命令：

samtools sort -@ 4 -o crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe.bam
qualimap --java-mem-size=35G  bamqc -bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam

最后生成的html报告文件参考健明上传的即可
report

image.png

参考链接：
【直播】我的基因组 34：Qualimap对比对好的bam文件进行统计及可视化

直播基因组目录

8 比对及找变异步骤的质控
使用qualimap对wes的比对bam人家总结测序深度和覆盖度 1 比对的各个阶段的bam进行质控可以把中间生...
Qualimap 对比对好排序后的bam文件的一个统计分析
注意bam文件是按照染色体名称来排序的bam文件即命令：最后生成的html报告文件参考健明上传的即可repor...
CHIP-Seq(3):比对及质控
1.对过滤后的fq.gz文件进行比对,并查看比对情况 2.比对后将SAM文件转为bam文件，转之前要进行排序，可以...
bamdst安装及使用
得到测序文件进行比对后经常需要对bam文件进行覆盖深度、靶向捕获效率的统计分析进行初步质控。这里介绍一个输出结果比...
read depth per BED region with B
输入按坐标排序过的bam比对结果文件和bed区间信息文件，统计bed文件中，目标区间内比对结果的深度信息。关于S...
文章复现-全外显子数据分析学习7-bam文件载入igv可视化
what is bam bam（或者是sam，cram）文件，是比对后拿到的文件，sam文件是纯文本，非常占用存储...
用julia语言计算测序数据的Insert Size?
Julia读取BAM的库想要计算Insert size，需要提供一个基因组比对后的文件，sam也好，bam也罢。...
【ChIP-seq 实战】五、合并bam和去除PCR重复
这里是佳奥！获得了比对的bam文件，生成了index的bai文件，生成了比对结果stat文件。合并bam文件和...
IGV的使用
IGV需要的文件：比对文件为 bam和bam.bai文件参考基因组文件...
一个不成熟的小脚本，ATAC数据一键预处理从fastq到trea
数据从下机fq.gz文件到可用的 .bam文件，每次都需要运行去接头，比对，去复，去MT，shift，排序等....