Qualimap 对比对好排序后的bam文件的一个统计分析

注意bam文件是按照染色体名称来排序的bam文件即

image.png

命令：

samtools sort -@ 4 -o crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe.bam
qualimap --java-mem-size=35G  bamqc -bam crWT-1_val_1_bismark_bt2_pe_Psorted.bam 

最后生成的html报告文件参考健明上传的即可
report

image.png

参考链接：
【直播】我的基因组 34：Qualimap对比对好的bam文件进行统计及可视化

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