16#phylogeny#Streptomyces#

Guo Y, Zheng W, Rong X, Huang Y (2008) A multilocus phylogeny of the Streptomyces griseus 16S rRNA gene clade: use of multilocus sequence analysis for streptomycete systematics. Int J Syst Evol Microbiol 58:149–159. https://doi.org/10.1099/ijs.0.65224-0

链霉菌是一类复杂的放线菌，能产生多种具有商业意义的生物活性代谢物。系统学可以为鉴定可能产生新代谢物的物种提供有用的框架。然而，以前提出的链霉菌系统分类方法要么实验室间可比性差，要么分辨率不足。特别是，从系统发育角度来看，灰链霉菌（Streptomyces griseus）16S rRNA基因分支是链霉菌属中最具挑战性且定义最少的类群。报告了一个多位点序列分析方案的结果，该方案旨在解决该分支的系统发育问题。获得了代表45个有效种和亚种的53个参考菌株的6个管家基因atpD、gyrB、recA、rpoB、trpB和16S rRNA的序列片段。对每个基因座的分析证实了基因座的适用性和串联的单基因树的一致性。构建了三个、四个、五个和所有六个基因的连接树，并分析了每个树的拓扑稳定性和分辨力。从结果可以得出结论，基于多位点序列的系统发育分析对于链霉菌内的物种划分更为准确和稳健。六个基因的多位点系统发育被证明是阐明灰葡萄16S rRNA基因分支内种间关系的最佳方法。我们的多位点序列分析方案提供了一个有价值的工具，可应用于其他链霉菌分支，以完善该属的系统框架。

systematics 系统学，分类学
poor interlaboratory comparability 实验室间可比性差
insufficient resolution 分辨率不足
in terms of 依据，从……角度
analysis scheme 分析方案