中医理论在传统印象里是一种超稳定的封闭体系，几千年看不到变化和进步的迹象。实际上，支撑这一体系的医学思想已经历了四次剧变，看似超稳定的理论体系其实早已面目全非。非常遗憾的是，这四次剧变带来的并不是进步。
第一次剧变：《黄帝内经》，从观察到思辩
中医的“圣经”
《黄帝内经》之前的医学，总体特征是经验加巫术，基调是观察，少有思辩。
从破译的甲骨卜辞来看，商代的医学虽然还没有形成体系，但是已经有了可贵的原始观察。这种观察首先体现在体表部位，是对人体结构最朴素的认识。开始了由表及里，由结构及功能的客观观察和记录，“医”作为“学”的开端正式开始。
商代之后，春秋战国时代的医学已经有了相当大的进步，这种进步主要体现在观察上，观察突破了体表，出现了解剖学。
《黄帝内经》剧变
中医若沿着甲骨文医学已显露雏形的原始观察和理性萌芽、马王堆医书进一步发展的解剖观察和临症实践的方向前进，未必就不能产生可以和古希腊古罗马媲美的古代医学来。可惜的是，《黄帝内经》出现了，中医发展的巨轮戛然而止，从此转向，朝着深渊狂奔不息，无人能阻挡。
我们从经络系统看，《黄帝内经》之前只有“脉”，而无“经”和“络”。“脉”只有11条，11是个很不完美的数字，11条脉缺乏对称之美，11条脉血液流向乱七八糟，11条脉互不相连，11条脉与脏腑不相干，11条脉虽有阴阳之名而无阴阳之奥义、11条脉没有配套穴位。
中医的经络
关键是，这是怎么成的？ 是因为实际观察吗？非也！我们看不到任何观察的记录，我们在后来两千年中也没有在观察中重现那些美丽的结构。这一切，是天才脑袋构想出来的！拍脑门拍出来的。
但是，对人体，靠这种思辩推理是不可能得到正确认识的！比如关于人体的骨骼，到底是多少块？解剖一具尸体，一块块的笨笨地数，远胜于神经兮兮的哲学推理。根本不需要迎合“天之数”。然而，大势已成。儒家一统天下，内经也一统中医理论，千秋万代，永不变色！两千年无数医家，闭着眼睛一齐喊，人体骨骼就是365块。
以思辩代替观察的医学就是如此荒谬，荒谬的不仅仅是骨骼而已，而是整个的理论体系；也不是理论体系而已，而是构建这个理论体系的方法，不是基于观察，而是基于思辩。这，才是荒谬的根本。
第二次剧变：金元明清 尊经崇古
金元时期医学四大流派
关于人体的研究，从实际观察到纯粹哲学思辨。这一剧变的结果是，中医关于人体的解剖生理病理等基本理论（相当于基础医学）一举定格，成为一种超稳定结构，不再有一丝一毫的变动，一直持续到近代的第三次剧变才发生另一次质变，时长1900年。
《内经》而后，临证医学的第一个代表就是《伤寒》《金匮》（统称《伤寒论》）。《伤寒》论热病，分为六经，不脱《内经》藩篱，对后世起了很坏的影响。
金元四大家自刘完素开始，也是“复古”，复的却是古代的经典，把千变万化的疾病之病因病理全以《内经》之模糊无稽概念解释之。任你什么病，只需要辨阴阳虚实寒热就可以了。刘完素对《素问》攻读35年，从字缝里提炼出“火热论”，认为“风、寒、暑、湿、燥、火”六气都可以化生为火邪，“火”嘛，当然就用“寒”来镇压，这就是著名的“寒凉派”。 张从正跟着刘完素，亦从《内经》中寻求真理，他把临床各种疾病按病因简单分为风、暑、湿、火、燥、寒六大门类。这种不动脑筋的做法后世中医完美继承下来了，成了定式。
中医的“五运六气”
第三次剧变：恽鉄樵的脏腑虚拟化
中医思想至《黄帝内经》的玄学化和金元以降的尊经崇古的两次剧变，基本奠定了格局，就是玄学和崇古。更直白的说，是极度害怕变革心态下的维稳，只要稳就好了。阴阳五行，五运六气，必须万岁万岁万万岁。然而，外来医学的冲击一浪更比一浪高，至明清达于极点，稳态终于不可能继续，遂引发第三次思想剧变。
清以前，外来医学的影响微乎其微，主要体现在“技”的层面。
然而到了晚清，西医已经发生了脱胎换骨天翻地覆的变化，不但理论完全与自然科学融为一体，实际医疗成就（尤其在传染病领域）也前无古人。
中国已经出现了一批精通现代医学的大家，他们的存在已不容汇通和折衷的余地。
1910年，东北大鼠疫对中西医是前所未有的具有特别意义的实战考试。
清末的东北鼠疫
历史上，传染病是人类也是中医的主要“敌人”直至今天，中医对清瘟病学仍然极其自信。著名国医大师邓铁涛曾经宣称：“中医不怕流感，早在1700年前的汉代张仲景已留给我们有效的学术与经验，加上明清医学家的研究成果，我们胸有成竹!”
事实上，面对非典、甲流、H7N9、中东呼吸综合症、埃博拉等等新型传染病，今天的中医确实还在沿用瘟病学说来解决。
不同的是，1910年的东北大鼠疫是传染性极烈的肺鼠疫，死亡率接近100%，混是混不过去的。实战考试结果让中医极其难堪：中医在这场“瘟病”面前不堪一击，清政府不得不任命年仅31岁的剑桥医学博士伍连德担当重任。伍连德带着从全国各地召集来的可怜兮兮的30个西医，运用当时世界上最先进的传染病和公共卫生防疫理论，硬是控制住了鼠疫，为中国赢得史无前例的世界性科学荣誉。这场战役中医务人员的伤亡数据令人寻味，西医49名（包括医学生）只殉职2名，殉职率4.1%；中医近200名，殉职高达80名左右，殉职率40%以上。中医群体死亡率之所以比西医甚至其他杂役都高得多，主要是因为他们的信仰。他们相信的是伤寒瘟病学说，是“正气存内，邪不可干”；结果，他们正气凛然的不戴口罩，然后就被细菌“干”了。
1911年4月，万国鼠疫研究会与会者合影
这场考试显示了极其显著的差异，其所带来的影响也极为深远，因为大家都看到了。但中医仍然若无其事的存在着。于是，余云岫出现了。
余云岫和伍连德一样，他们本是中国近代医学史上最耀眼的巨星，却长期以来被刻意的遗忘了。余云岫27岁赴日本留学,他毕生的事业就是战斗在反中医的“沙场”上。回国5个月后返回日本继续医学修业，到1916年38岁时归国。1917年即出版批中医的独一无二之经典《灵素商兑》。
余云岫中医研究与批判
在这部书中，余云岫系统批驳了阴阳五行、脏腑解剖及生理、十二经脉和切脉、病原及病理等等基本理论。这种批评与《医林改错》有本质的不同，其所依靠的是强大的现代医学之必杀技。比如十二经脉，余云岫以现代解剖学的精准知识一一予以揭示批驳。
《灵素商兑》出版后，余云岫每天阅读中医典籍，磨刀霍霍，等待着中医界的反击；中医界却仿佛被打蒙了，完全无力还击。一直等到六七年后，恽鉄樵才勉力还上一招。
没有读过医科大学基础课的恽鉄樵非常聪明，他不是正面迎战，而是把中医脏腑虚拟化，概念化，符号化，去解剖化，去实体化。即著名的论断“内经之五脏非血肉之五脏，乃四时的五脏”。意思是说，我大中医的五脏根本就不是血肉实体意义上的器官，而只是功能符号，你西医的解剖再精细再准确，也证明不了中医脏腑的错。这一招导致中医思想的第三次剧变，从此彻底改变了中医应对西医质疑的战略方向。 恽鉄樵以后，中医不单于病因病理是玄学，即人体自身结构也是玄学的。现代科学再发达，也无法检验玄学。
中医的“五脏”
第四次巨变：中医政治化
民国时期，北洋政府和南京政府都曾推出过“废止旧医”的法案。虽说因为太激进以及中医界的强烈反弹，受到一些影响并不十分顺利，毕竟已是大势所趋。
以余岩为代表的废除中医 请愿团
中医面临生死存亡，需要寻求真正稳如泰山的支持力量。这种力量便是政治。 中医寻求政治“庇护”自《黄帝内经》就开始了。天人合一宇宙图式的本质就是一种强调核心领导和绝对秩序的政治哲学，中医一开始就是傍政治而生的，没有独立的科学精神。以前是，现在更是。
1949年以后，作为旧的医学，中医的命运一开始并没有什么改观。改观始于自身努力和贵人相助。
所谓自身努力，即是把“辨证”“辩证”化，确保了政治正确。
新中国的政治哲学是辩证唯物主义，所有的科学必须受这一思想的指导和规范。恰好，中医有“辨证”一词可以利用。
这个不解释
“辨证”和“辩证”，字形上差别极其细微新时代的中医们赋予了它新的奥义，把它说成是一种“思想体系”，论证它具有“优越性”，俨然符合辩证法，他们硬是给古老医学招进了辨证法的魂。
中医具有辩证思想，政治是正确的！贵人来相助了。 1958年10月11日，我们的伟大领袖革命导师我心中最红最红的不落的永远不落的红太阳毛泽东主席时任中共中央书记处候补书记、中央办公厅主任的杨尚昆写了一封信，全文如下：
尚昆同志：
此件（指卫生部党组《关于组织西医学中医离职学习班的总结报告》）很好。卫生部党组的建议在最后一段，即今后举办西医离职学习中医的学习班，由各省、市、自治区党委领导负责办理。我看如能在一九五八年每个省、市、自治区各办一个七十至八十人的西医离职学习班，以两年为期，则在一九六〇年冬或一九六一年春，我们就有大约二千名这样的中西结合的高级医生，其中可能出几个高明的理论家。此事请与徐运北同志（时任卫生部党组书记、卫生部副部长）一商，替中央写一个简短的指示，将卫生部的报告转发给地方党委，请他们加以研究，遵照办理。指示中要指出这是一件大事，不可等闲视之。中国医药学是一个伟大的宝库，应当努力发掘，加以提高。指示和附件发出后，可在《人民日报》发表。
这一封短信彻底改观了中医的命运，说救了中医的命也不为过。
1950年，第一届全国卫生会议上，余云岫仍作为特邀代表发言，他改变策略，将“废止”改成“改造”，但坚持“没有旧医继续存在的余地”，提出了“改造旧医实施步骤”的方案，要“淘汰多数，保留少数，加以改造，变为医助”。
新中国第一任卫生部副部长贺诚和王斌都是受过正规西医教育的老红军，都支持“废医”或“改造旧医”。他们说“中医是封建医，应随着封建社会的消灭而消灭”，“以人民保健与治疗所需要的科学知识来衡量，他们（中医）都是不合格的，他们只能在农民面前起到精神上有医生治疗的安慰作用”，“从单纯科学医学来看，取消他们是为了人民”。曾一度取消中医的行医资格，在全国各地办进修学校，让中医学西医，试图改造中医。然而不久，他们就受到我们的伟大领袖革命导师我心中最红最红的不落的永远不落的红太阳毛泽东主席的严厉批评，一齐撤职。
违背最高指示而被撤职的卫生部高官，他们是第一个，也是唯一一个，不会再有了。 因为，中医已与政治天人合一。
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