开个帖子整理一下自己的生信学习笔记目录，方便日后查看：
最近更新：2022.07.03
bulk RNA-seq:
实战系列:
RNA-seq分析流程
- RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建
- RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗
- RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon
- RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵
- RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查
- RNA-seq入门实战（五）：差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较
- RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略
- RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析
- RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析
- RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络构建（上）——STRING数据库的使用
- RNA-seq入门实战（十）：PPI蛋白互作网络构建（下）——Cytoscape软件的使用
- RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型
其他
- Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
- 获取基因有效长度的N种方法
- ensembl_id转换与gene symbol基因名去重复的两种方法
- UCSC Genome Browser 使用之本地数据上传CyVerse或Github
Linux 基础与R基础
Linux
- Windows子系统WSL的体验与配置——Ubuntu-22.04
- Miniconda3的安装、配置和使用
- Linux实用基础1
- Linux实用基础2
- Linux实用基础3 find grep awk sed xargs
- vim编辑器和less命令实用操作
Linux中的一些工具
- gget——高效的基因组数据库查询工具
- fastq-dump、fasterq-dump和parallel-fastq-dump处理SRA文件的速度比较
- Aspera——碾压prefetch命令的存在, 利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据
- grabseqs——批量下载sra数据并直接转换为fastq文件的工具
R
R绘图
报错记录
- ridgeplot报错：Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] : replacement has ...
- 保存pdf报错：Error in grDevices::pdf(file = filename, ..., version = version) : invalid font type
- WSL Ubuntu 22.04 LTS 中使用tar -zxvf 的奇怪报错：/usr/bin/gzip: 1: �ELF����: not found /usr/bin/gzip: 3: �...
干细胞文献
- hCiPSC ——化学诱导重编程人体细胞为多能干细胞 2022-06-25
- Chemical reprogramming of human somatic cells to pluripotent stem cells
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