montreal生信人2018-03-07
大家好！上两期《绘树专题》结合引用数据，对可视化绘树软件和在线绘树工具走马观花地盘点了一番。近年来，除了以上两大方法，命令行绘树工具也在悄然兴起，并引起了越来越多的关注。
1.Graphlan
该软件是由哈佛大学Huttenhower实验室开发的一款基于Python的命令行绘树工具。使用时需要预先安装biopython和matplotlib这两个library。该款软件对于上色和物种信息注释有自己独到的地方。软件提供了不少示例供大家学习、掌握基本的操作。
小编选择了其专属网页（https://huttenhower.sph.harvard.edu/graphlan）上的1幅图。
2.ETE Toolkit
ETE 是一套具有多种功能的进化树显示和分析工具。其开发者是目前在欧洲分子生物学实验室（EMBL）海德堡总部的剥尸猴Jaime Huerta-Cepas，其老板正是iTOL开发者之一的Peer Bork。
ETE目前更新到了第三版 (Huerta-Cepas, Serra, & Bork, 2016)，发表后仅2年的时间内就被引用130余次，其火爆程度可见一斑。总之，但凡iTOL等在线工具能画出来的炫图，ETE似乎也是可以胜任的。请注意，ETE还包括除绘树之外的其他分析功能，感兴趣的网友可以在其网站上看看更多相关内容http://etetoolkit.org。
3.ggtree
最后登场的是ggtree。这是一个R包，由香港大学的林讚育（Tsan-Yuk Lam）实验室开发，发表16个月以来就遭到了86次引用，广受好评(Yu et al. 2017)。Ggtree的一大特点是可以读取raxml，paml，ape，r8s等多种软件和程序的数据和结果，并且与前面介绍的两款软件类似，可以很好地整合进化树的注释信息并加以呈现（见下图）。
小编本来是想码些文字的，但后来在搜集资料的时候发现有一篇微信推送写得十分精彩，重要的是，该文且恰是由ggtree的开发者、香港大学的余光创主笔，于是小编这里就不费笔墨了，在此向大家墙裂推荐《使用ggtree实现进化树的可视化和注释》。最后，show几个ggtree的图：这颜值，大家打几分？
https://www.r-bloggers.com/ggtree-for-microbiome-data/
至此，绘树专题即将告一段落。作为新年彩蛋，小编整理了了大型开源进化分析软件Mesquite的全套视频教程，由开发者Wayne Maddison主讲，下载地址在这里。视频版权为知识共享 (Creative Commons)。
最后，感谢大家对本专题的关注。有关进化树的更多内容，请访问生信人的网易云课堂《Hello，树先生》。
参考资料
Huerta-Cepas, J., Serra, F., & Bork, P. (2016). ETE 3: Reconstruction, Analysis, and Visualization of Phylogenomic Data.Molecular Biology and Evolution, 33(6), 1635-1638. doi: 10.1093/molbev/msw046
Yu G, Smith D, Zhu H, Guan Y and Lam TT (2017). “ggtree: an R package for Visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data.”Methods in Ecology and Evolution,8, pp. 28-36.
作者原创，原载于生信人微信公众号
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