在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现,看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。而在现实中生活的人类反抗组织的船长莫菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主,就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂的指引下,两人见面了,尼奥也在莫菲斯的指引下,回到了真正的现实中,逃离了矩阵,这才了解到,原来他一直活在虚拟世界当中,真正的历史是,人类发明了AI，然后机械人叛变,与人类爆发战争,人类节节败退,迫不得已的情况下,把整个天空布满了乌云,以切断机械人的能源,谁知机械人又开发出了新的能源---生物能源,就是利用基因工程,人工制造人类,然后把他们接上矩阵,让他们在虚拟世界中生存,以获得多余的能量,尼奥就是其中一个.尼奥知道后,也加入了人类反抗组织,在莫菲斯训练下,渐渐成为了一名厉害的"黑客",并渐渐展露出,与其他黑客的不同之处,让莫菲斯也更加肯定他就是救世主,就在这个时候,人类反抗组织出现了叛徒,让莫菲斯被捕,尼奥就出了莫菲斯,但在逃跑过程中,被矩阵的"杀毒软件"特工杀死, 结果反而让尼奥得到了新的力量,并复活了,真正的成为了救世主,并把在矩阵无所不能的特工杀死了。
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