(1)GO数据库设计结构详解

1.GO数据库的总体存储结构

GO数据库的存储结构主要分为四种：termdb,assocdb,seqdb,以及full GO database ；具体区别如下：

• termdb（每日更新）:a database containing just the information on the GO terms and relationships.(内容：ontologies, definitions and mappings to other dbs)

• assocdb（每周更新）:a database containing both the GO vocabulary and associations between GO terms and gene products. This database subsumes termdb.(内容：all manual gene product annotations; electronic annotations (IEA) from all databases other than UniProtKB)

• seqdb（每周更新）:a database containing GO terms, gene products and the sequences associated with these gene products. This db subsumes the ****two above.（内容：在包含前两个数据库内容的基础之上，增加了： plus protein sequences for most of the gene product）

• full GO database（每月更新）:termdb (above), plus manual and electronically generated (IEA) annotations.

2.不同数据库的表（table）的设计存在包含关系

基本上seqdb的数据包含了assocdb,assocdb的数据又包含的termdb，即：

seqdb>assocdb>termdb

GO的整个数据库中主要有14张表
绘制成思维导图展示，是这样：

GO数据库整体结构

3.GO数据库提供了基于MYSQL的GO数据库的本地下载

MYSQL数据库的存储包括8个模式（schema）

• go_associations
• go_audit
• go_general
• go_graph
• go_homology
• go_meta
• go_optimisations
• go_sequence

官网详细给出了每个模式下，不同的表的设计（包括表的外键、主键等等的定义）：http://geneontology.org/page/go-mysql-database-schema

• 以go_association这个schema下的go_associations.association表为例：

GO数据库的官网也提供了E-R图：

GO数据库E-R图

所以说GO整体数据库的设计还是比较复杂，如果要自己开发此类数据库，可以以此为参考