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Seurat 2x数据集 更新到 3x以上版本数据结构

Seurat 2x数据集 更新到 3x以上版本数据结构

作者: 倪桦 | 来源:发表于2022-05-12 15:06 被阅读0次

    在下载一些文章作者上传的构建好的seurat对象的时候,可能会碰到版本较低而当前seurat 3x版本的函数无法处理的情况,解决办法有两种
    更新seu V2数据结构为 seu V3数据结构,基于当前packageVersion("Seurat") >3.0x的UpdateSeuratObject函数(推荐用此方法处理,方便保留下载数据集的所有数据)

    library(Seurat)
    seu.2x <- readRDS("seu.2x.rds")
    seu.3x <- UpdateSeuratObject(seu.2x)
    

    用seuV2的counts重构 seuV3 数据对象

    seu.2x <- readRDS("seu.2x.rds")
    seu.3x <- CreateSeuratObject( seu.2x@raw.data )
    

    v2对象的一些数据提取方法

    image.png

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