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比较基因组 | 一个重磅消息 和 一点杂事

比较基因组 | 一个重磅消息 和 一点杂事

作者: 生信石头 | 来源:发表于2020-10-22 22:59 被阅读0次

    重磅消息

    常常看到一些朋友不知为何,就是要做一些基因组共线性分析。我相信,绝大多数人,确实是不明原因的要干这个事。或许要怪,就怪 TBtools 让这个事情显得太容易达成,以至于.....
    不过没所谓,现在宣布一个重磅消息:我邀请到了多年基友,比较基因组小王子 来给大伙介绍他开发的一个超级流弊的比较基因组软件,并普及普及比较基因组相关的数据分析基础知识。
    现在微信推文都很多,讲软件事情的很多,讲理论的一套一套,但是真正谈实践,谈分析,谈数据解读的很少。感兴趣的就准备好小凳子,后续会作为一个系列,慢慢更新,大伙也慢慢消化。

    一点杂事

    Emmm,很久以前 TBtools 开放了 TreeTreeTree 功能,中文名字 树蜀黍 。目前似乎有两三个文稿引用了 TBtools 这个功能。不过用得多的,估计就我自己。很久以前做了一个图,大体是展示了 sRNAanno 数据库上 PHAS 注释整体信息,如下:


    其实,我觉得还不错。
    然而有被提到一个问题,大体是:你这图,字太小了。(尽管我们矢量图是肯定有的....)。但这确实是个问题。
    想来想去,字体不能变大,变大肯定重叠,将近150个物种....
    于是只能,优化 树蜀黍 ,得到下图。

    似乎感觉还是好一些了,起码字是大了点....
    具体做了几个调整:
    1. 树的叶片节点名字,no,也就是不显示
    2. 树蜀黍 功能 新增 TextAnno 支持,所以最外面的物种名其实直接用的 TextAnno,和原本的叶节点名字没直接关联
    3. Barplot 支持 backcolor, 因为如果没有灰色。那就有点丑...
    4. 其他改进... 忘记了。

    感兴趣的可以下载文件
    https://fil.email/3Fk6GrxP
    然后,自行使用现在的 Tree Annotation ( 原名 树蜀黍 )功能直接一键可视化。文件本身是一个配置文件,感兴趣的自己右键 记事本 打开即可。

    写在最后

    啊,期待小王子的分享~~

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