2019-09-28 linux作业1-10

1.在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列

$ mkdir task
$ cd task
$ mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9

2. 在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txt

$ cd 1/2/3/4/5/6/7/8/9
$ touch me.txt

3.在文本文件 me.txt 里面输入内容:

Go to: http://www.biotrainee.com/
I love bioinfomatics.
And you ?

$ vim me.txt
i
Go to: http://www.biotrainee.com/
I love bioinfomatics.
And you ?
q:wq
$ cat me.txt 

4.删除上面创建的文件夹 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件 me.txt

$ cd task/
$ rm -r 1

5.在任意文件夹下面创建 folder1~5这5个文件夹，然后每个文件夹下面继续创建 folder1~5这5个文件夹，效果如下：

$ mkdir -p folder{1..5}/folder{1..5}

6.在第五题创建的每一个文件夹下面都创建第二题文本文件 me.txt ，内容也要一样。

答案1$ echo folder{1..5}/folder{1..5} | xargs -n 1 cp -v me.txt

答案2$ for dirs in folder{1..5}/folder{1..5}; do  cp me.txt $dirs; done

答案3$ for a in {1..5};do
     cd ~/folder$a
            for b in {1..5};do
                    cd ~/folder$a/folder$b
  cp ./me.txt  ~/folder$a/folder$b
     done
done

不会做，搜到3个答案，学习了循环变量和xargs

7.再次删除掉前面几个步骤建立的文件夹及文件

$ rm -r folder*

8.下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件，后在里面选择含有 H3K4me3 的那一行是第几行，该文件总共有几行。

$ wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed
$ less -S test.bed|wc -l
$ less -S test.bed |grep -n H3K4me3

9下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件，并且解压，查看里面的文件夹结构

$ wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 
$ unzip rmDuplicate.zip
$ tree rmDuplicate

10.打开第九题解压的文件，进入 rmDuplicate/samtools/single 文件夹里面，查看后缀为 .sam 的文件，搞清楚生物信息学里面的SAM/BAM 定义是什么。

$ cd rmDuplicate/samtools/single
$ ls *.sam

SAM(Sequence Alignment/Map)格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息。
BAM是SAM的二进制格式，因此两者格式相同，只是BAM文件占用储存空间更小，运算更快。