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Sample Type Codes for TCGA

Sample Type Codes for TCGA

作者: 找兔子的小萝卜 | 来源:发表于2020-05-25 09:06 被阅读0次
image.png

根据样本ID的第14-15位,给样本分组(tumor和normal)

table(str_sub(colnames(exp),14,15))
#> 
#> 01 11 
#> 36  9
image.png

上述表格为14-15位对应的数字,为第一列,然后对应的数字的含义为后面描述。

我所下载的卵巢癌数据的结果为:

image.png

就是说:卵巢癌中只有原发性的实体肿瘤与复发性实体肿瘤而没有对照组。
样本信息及其代码储存在:C:\Users\pingw\Documents\R课件与作业\TCGA\tcga_1

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