基因家族分析（保姆级教程一----数据准备）

作者: GenomeStudy | 来源:发表于2023-07-03 22:15 被阅读0次

1.数据准备（以CYP450为例）
a.CYP450隐马尔可夫模型（hmm模型）准备
Pfam数据库：http://pfam-legacy.xfam.org/
InterPro数据库：https://www.ebi.ac.uk/interpro/
在Pfam数据库下载：（后期可能不可用）

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下载到P450家族基因的结构域模型。
或者直接查阅文献，得到P450家族基因在Pfam数据中的号为PF00067，直接搜索下载
在InterPro数据库：（一个新的蛋白质数据库，整合了Pfam、NCBIfam、PIRSF、SMART等多个数据库）

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同样可以下载到P450家族基因的结构域模型。
b.拟南芥P450家族基因蛋白序列
TAIR（拟南芥数据库）：https://www.arabidopsis.org/index.jsp

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获得拟南芥P450蛋白序列的id

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通过id和网站的序列提取，获得序列信息

复制粘贴或者直接Ctrl+S保存，即可都得到拟南芥的P450蛋白序列，若希望得到更加精确的数据，可以再加上水稻或其他模式植物的家族蛋白序列。
数据准备就差不多啦，下一篇我们开始鉴定~

等等，你还需要一整套的基因组文件（不过我相信大家都是有的）

    包括基因组文件：genomic.fasta
        蛋白质文件：genomic.pep.fa
          CDS序列：genomic.cds.fa
      基因结构文件：genomic.gff3

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