共线性分析（Synteny analysis）及可视化
基因家族流程：基因家族分析（一）
基因家族流程：基因家族分析（二）
基因家族流程：基因家族分析（三）
基因家族流程：基因家族分析（四）
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参照我以前的推文：MCScanX安装、报错解决方法及简单使用
如果对MCScanX对家族基因分类不满意，因为没有转座子复制，可以选择用MCScanX-transposed，可以探别转座复制的基因。
MCScanX-transposed安装及使用
利用Circos可视化共线性结果
1.简介
Circos 是一个Perl语言开发的自由可视化软件，使用GPL协议分发，以绘制输出圈图(原型)。下载地址：http://circos.ca/software/download/circos/
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2.安装
1.第一次安装需要安装circos画图的perl模块，根据报错一个个装，最好是有sudo权限装，不然很麻烦，
2.没有权限可以选择windows下使用
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3.数据文件准备
- chr文件（参看circos中data下的核型文件）
- text文件
-
link文件
[图片上传中...(11.png-394ba1-1554724183006-0)]
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4.其他详细参数参看Circos从入门到精通 -
CSDN博客：https://blog.csdn.net/u014182497/article/details/52513269
5.结果，需要配置文件的可以私聊我~
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